Młoda kobieta na dnie, wciągnięta w spiralę narkotyków i przemocy manipulowana jest przez służby specjalne, które czynią z niej skuteczną beznamiętną zabójczynię wspomaganą przy sposobności przez Victora "sprzątacza". Wszystko to jest oczywiście okraszone lejącą się krwią i odrobiną uczuć, jakie niesie z sobą uśmiech pewnego miłego kasjera z supermarketu. "Nikita jest historią kogoś, kto dopuściwszy się nieodwracalnego czynu, próbuje zmazać go przez aktywne życie, chce odkupić winy i zacząć od nowa. Lecz w życiu nie ma do końca zapłaty za to, co uczyniliśmy.

W strzelaninie ginie kilku policjantów. Młoda, zdemoralizowana narkomanka, Nikita (Anne Parillaud), zostaje oskarżona o morderstwo i skazana na dożywocie. Nie trafia jednak do więzienia. W zamian za uwolnienie, zgadza się przejść szkolenie dla zabójców, działających na zlecenie rządu. Otrzymuje nową tożsamość. Po pewnym czasie zakochuje się w Marcu (Jean-Hugues Anglade), pracowniku supermarketu. Z coraz większym trudem przychodzi jej pogodzenie roli bezlitosnej morderczyni z życiem prywatnym.

Skazana na dożywocie za morderstwo, tytułowa bohaterka otrzymuje szansę na nowe życie. Po morderczym treningu, zostaje zabójcą na usługach rządowej agencji bezpieczeństwa. Dziewczyna opuszcza ośrodek całkowicie odmieniona. Jest elegancka, dystyngowana, ma nienaganne maniery i do perfekcji opanowała posługiwanie się wszelkimi rodzajami broni. Cieszy się pozorną wolnością. Gdy odbiera telefon z umówionym hasłem, zostawia wszystko: pracę, kochanka, mieszkanie i rusza wykonać kolejne zlecenie. Ale pewnego dnia rodzi się w niej bunt.

Skazana na dożywocie za zabicie policjanta młoda złodziejka i narkomanka Nikita (Anne Parillaud) otrzymuje propozycję nie do odrzucenia: może spędzić życie w więzieniu albo zostać zawodowym zabójcą, pracującym na zlecenie tajnej agencji rządowej. Dziewczyna przechodzi szkolenie pod okiem sadystycznego opiekuna i rozpoczyna nowe życie. Jako Josephine staje się uwodzicielską i wyrafinowaną maszyną do zabijania, która brutalnie rozprawia się z przeciwnikami. Jest perfekcyjna, najlepsza w swoim fachu. Czy jednak cena za wolność nie okaże się zbyt wysoka?

Nikita to dwudziestoletnia narkomanka i kryminalistka. Niczego już nie oczekuje od życia - ani szczęścia, ani odmiany losu. Podczas napadu na aptekę z zimną krwią zabija policjanta i trafia na długie lata do więzienia. Ale tam jej charakter zostaje "doceniony", poddana specjalnej resocjalizacji i szkoleniu, po trzech latach rozpoczyna nowe życie jako agentka specjalna policji. Co się zmieniło? - Nic. Nikita nadal jest wyrachowaną morderczynią, zawodowcem w swoim fachu, tyle tylko, że działa po "właściwej" stronie.