Nankin 1937 roku. Inwazja Japończyków powoduje chaos i zniszczenia w chińskim mieście. Grupie uczennic udaje się względnie bezpiecznie schronić w piwnicy, za murami Katedry Winchester. Podobnie jak Amerykaninowi Johnowi Millerowi i trzynastu prostytutkom z pobliskiego domu publicznego. Miller początkowo zainteresowany wyłącznie pieniędzmi i zapasami wina z kościelnej piwnicy, stopniowo przyjmuje rolę obrońcy. Film, oparty na powieści "13 kwiatów z Nanjing" autorstwa Geling Yan, przenosi na ekran tragiczny rozdział z historii Chin, w którym życie straciło ponad 200 tysięcy ludzi. Jednocześnie liryczny i poruszający do trzewi film wchodzi w apokaliptyczny świat masakry nankińskiej. Opowiada żywą historię o niewidzialnych mieszkańcach miasta i serii nieoczekiwanych związków prowadzących do aktu poświęcenia.

Film pokazuje wydarzenia z przełomu 1937 i 1938 roku, znane jako masakra nankińska, kiedy to japońscy żołnierze wymordowali w chińskim mieście Nankin (ówczesnej stolicy Republiki Chin) około 250 tysięcy mieszkańców. Doszło również do kilku tysięcy gwałtów na kobietach i dzieciach. Dzięki  staraniom m.in. Amerykanów, z Johnem Millerem (Christian Bale) na czele, a także Europejczyków, udaje się ocalić od śmierci wielu ludzi.

13 grudnia 1937 roku. Po wielu dniach bombardowania, Nankin zostaje zajęte przez Japończyków, którzy rozpoczynają serię bestialskich tortur, gwałtów i mordów. W międzyczasie, do katedry Winchester przybywa Amerykanin John Miller (Christian Bale), mający przygotować do pochówku ciało zabitego księdza. Na miejscu zastaje ukrywające się dziewczęta ze szkoły katolickiej i ich opiekuna George'a Chena (Tianyuan Huang). Wkrótce, w kościele chronią się także słynne prostytutki znad rzeki Qin Hai. Jedna z nich, mówiąca po angielsku Yu Mo (Ni Ni), próbuje namówić Johna, by pomógł im wydostać się z miasta. Amerykanin nie chce jednak narażać swojego życia. Nocą upija się i zakłada sutannę. Następnego dnia do kościoła wkraczają japońscy żołnierze. W obliczu ich brutalności John, niespodziewanie dla samego siebie, zaczyna udawać księdza i staje w obronie dziewcząt.

Nankin, rok 1937. Po wielu dniach bombardowania Japończycy wkraczają do chińskiego miasta, rozpoczynając serię masowych mordów i gwałtów. Grupie uczennic udaje się względnie bezpiecznie schronić w piwnicy, za murami katedry Winchester. Podobnie jak Amerykaninowi Johnowi Millerowi (Christian Bale) i trzynastu prostytutkom z pobliskiego domu publicznego. Miller początkowo jest zainteresowany wyłącznie pieniędzmi i zapasami wina z kościelnej piwnicy. Jednak w obliczu niezwykłej brutalności japońskich żołnierzy niespodziewanie dla samego siebie John staje w obronie dziewcząt.