Po sukcesie kinowego "Madagaskaru" twórcy postanowili zrobić krótkometrażowy film o uwielbianych przez widzów pingwinach.
Wieczór wigilijny. W nowojorskim ZOO trwają przygotowania do wieczerzy. Jeden z pingwinów, Szeregowy, widząc smutek polarnego misia Teda, postanawia kupić mu prezent. W tym celu wyrusza do miasta. Jednak tam omyłkowo zostaje kupiony przez staruszkę, która chce podarować go swojemu diabolicznemu psu. Pozostałe pingwiny, zauważając zniknięcie jednego z kompanów, wyruszają na misję ratunkową.

Niezwykle popularni bohaterowie kinowego hitu "Madagaskar" - dzielne i jak zawsze bojowe pingwiny powracają w świątecznym epizodzie. Akcja zaczyna się w wigilię, gdy sympatyczna brygada gorączkowo przygotowuje wieczerzę. Szeregowy, zatroskany losem samotnego w ten wieczór polarnego misia Teda, postanawia wybrać się po prezent dla niego i w tajemnicy przed kompanami wymyka się do miasta. Zwariowana pingwinia ekipa wkrótce orientuje się, co jest grane i wyrusza jego tropem...

Skipper, Kowalski, Rico i Szeregowy, pingwiny z nowojorskiego ZOO, szykują się do świąt. Wszystko jest na miejscu: lodowa choinka, trzaskające na ekranie telewizora płomienie jako kominek, bożonarodzeniowe potrawy, no i cztery prezenty. Jednak dla Szeregowego nie wszystko jest ok. Wszyscy się bawią oprócz niedźwiedzia polarnego, Teda, który musi spędzać święta w pojedynkę. Prostoduszny Szeregowy postanawia wyruszyć do miasta i kupić prezent, jednak... to on zostaje kupiony. Skipper, Rico i Kowalski ruszają mu na pomoc. Zaczyna się Misja Świąteczna...