Gdy dochodzi do likwidacji elitarnych Wojskowych Służb Informacyjnych, politycy orientują się, że pozbawiono Polskę oczu i uszu. Zostaje stworzona nowa, tajna jednostka do zadań specjalnych. Trafiają do niej m.in. niepokorna, wyrzucona z ABW podporucznik (Olga Bołądź) , kapitan, który wrócił z misji w Afganistanie (Wojciech Zieliński) oraz były pułkownik SB (Janusz Chabior). Pracując nad aferami z pierwszych stron gazet będą musieli zmierzyć się z demonami przeszłości. Pewnego dnia odkryją, że tak naprawdę nie wiedzą dla kogo pracują.

Film "Służby specjalne" to oparta na dwuletniej dokumentacji realistyczna historia, odsłaniająca kulisy życia i pracy oficerów polskich tajnych służb. Filmowa historia rozpoczyna się, gdy dochodzi do likwidacji elitarnych Wojskowych Służb Informacyjnych, które w opinii komisji są organizacją przestępczą. "Służby specjalne" pokazują konsekwencje tej decyzji. Na ulicę wyrzucają fachowców, którzy posiadają bardzo niebezpieczną wiedzę. Część z nich odnajduje się w świecie biznesu. Film opowiada o tych, którzy nie znaleźli pracy w cywilu. Gdy politycy orientują się, że likwidując Wojskowe Służby Informacyjne, pozbawiono Polskę oczu i uszu, jeden z byłych szefów W.S.I. dostaje zadanie zwerbowania oficerów do nowych służb, które mają powstać. Do jednej sekcji trafiają kapitan Janusz Cerat i pułkownik Marian Bońka z byłych W.S.I. oraz wyrzucona z ABW podporucznik Aleksandra Lach, pseudonim "Białko". Pracując przy aferach z pierwszych stron gazet, każdy z oficerów będzie musiał zmierzyć się z demonem swojej przeszłości. Pewnego dnia odkryją, że tak naprawdę nie wiedzą, dla kogo w pracują i w jakim celu.

Polska, współczesność. Właśnie zostają zlikwidowane Wojskowe Służby Informacyjne. Na jej miejsce zostaje powołana nowa jednostka, która ma zajmować się wywiadem. Niedługo część jej pracowników zaczyna mieć wątpliwości, czy polityczny zwrot w służbach specjalnych ma jakikolwiek sens. Grupa funkcjonariuszy wyklętych, m.in. podporucznik Lach (Olga Bołądź), kapitan Cerat (Wojciech Zieliński) i były pułkownik SB (Janusz Chabior). Będą musieli pracować nad aferami, które coraz częściej pojawiają się na pierwszych stronach gazet, jednocześnie chcąc pokonać widma przeszłości, które bezustannie ich nawiedzają. Niedługo cała ich praca się załamie - odkryją, że nie wiedzą, dla kogo tak naprawdę pracują...