Do Ziemi zbliża się niezidentyfikowana forma energii, przypominająca obłok. Admirał Kirk (William Shatner) przejmuje dowodzenie nad świeżo wyremontowanym USS Enterprise, aby zlikwidować zagrożenie i po raz kolejny uratować Ziemię przed zagładą. Jednak spotkanie z tajemniczym obiektem kończy się całkowitym obezwładnieniem statku, zaś obca sonda porywa jednego z członków załogi...

U.S.S. Enterprise znowu dumnie wzbija się w przestrzeń w nowoczesnej reżyserskiej wersji klasycznego, kinowego filmu "Star Trek". Pod nadzorem legendarnego reżysera Roberta Wise'a w wersji tej wzbogacone zostały efekty wizualne i opracowany nowy dźwięk.

Kiedy nieznana, obca siła niszczy kilka klingońskich statków, James T. Kirk (William Shatner) powraca na kapitański mostek zmodernizowanego U.S.S. Enterprise. Leonard Nimoy, DeForest Kelley oraz załoga z oryginalnej telewizyjnej serii "Star Trek" mobilizuje siły, abo powstrzymać niszczycielskie zapedy obcego intruza nieubłaganie zmierzającego z stronę Ziemi.

Ziemi grozi ogromne niebezpieczeństwo. W stronę planety zbliża się dziwny, niezidentyfikowany obiekt. Admirał James T. Kirk obejmuje dowodzenie nad świeżo zmodernizowanym Enterprise'm, jedynym statkiem Gwiezdnej Floty, który może zatrzymać tajemniczą masę energii zmierzającą w stronę Ziemi. Gdy tajemnicza istota z ciała Ilii, jednej z oficer Enterprise'a, tworzy sondę, załoga statku musi za wszelką cenę dowiedzieć się jak najwięcej o tajemniczej materii. Kirk, wraz z całą znaną nam ekipą, próbują powstrzymać niebezpieczeństwo, podczas gdy Spock zaczyna dostrzegać w dziwnej istocie swoją bratnią duszę.