Cezar i jego małpy uwikłane zostają w zbrojny konflikt z armią ludzi, na czele której stoi bezwzględny Pułkownik. Małpy ponoszą straszliwe straty, podczas gdy Cezar zmaga się z mrocznymi instynktami i wyrusza w drogę, by pomścić swych pobratymców. Gdy Cezar i Pułkownik stają twarzą w twarz, dochodzi do spektakularnej bitwy, w której stawką jest przyszłość obu gatunków i całej naszej planety.

15 lat po eksperymencie, który wymknął się spod kontroli i zapoczątkował genezę nowego gatunku inteligentnych małp oraz wirusa, który omal nie zgładził rasy ludzkiej. Wirus Simian spowodował, że ludzkość znalazła się na skraju wyginięcia. Garstka ocalałych, którzy wykazali się odpornością na wirusa, zazdroszczą tym, którzy zginęli, a małpy człekokształtne kontynuują swoje sukcesy w zaciszu północnych lasów w San Francisco.