Neo nigdy nie wyszedł z Matrixa, ten "realny świat" to była tylko wyższa warstwa symulacji(tak jakby sen we śnie), dlatego rany doznane w Matrixie urzeczywistniały się w "prawdziwym świecie" w którym mógł wyczuć i wyłączyć mątwy na odległość a kiedy stracił oczy dalej widział, widział kod Matrixa z wyższej warstwy a ludzie jako baterie to tylko odwrócenie uwagi od prawdy, od tego że wojna była kontrolowana przez maszyny po obu stronach barykady a ludzie tak naprawdę służyły maszyną jako procesory a nie źródło energii. Najlepsze jest to że to nie Neo a agent Smith był wybrańcem tyle że nieświadomym, to on był tym który narodził się w Matrixie i zmienił go według własnych upodobań, kiedy w ostatniej części Smith próbował zasymilować Neo jego kod wrócił do źródła i ludzkość została uwolniona. Trzeba obejrzeć dokładnie całą trylogię aby to ogarnąć.