Serial kontynuuje historie znaną z sunbowow'skiej wersji wyświetlanej w latach 1985-86 oraz filmu "G.I. Joe: The movie" opartej na niezwykle popularnej wówczas serii zabawek. Ponownie naprzeciwko siebie stają więc dwie drużyny - amerykański oddział specjalny - G.I. Joe oraz Cobra - organizacja terrorystyczna dążąca do przejęcia władzy nad