Telewizyjny serial opowiadający o przygodach Major Kusanagi i jej kolegów z oddziału do zadań specjalnych. Film opowiada o wydarzeniach, które miały miejsce przed spotkaniem z Władcą Marionetek opisanym w "Ghost in the Shell".

Serial ma inny charakter niż film dlatego że za scenariuszem nie stoi Mamoru Oshii lecz Masamune Shirrow, twórca mangi na podstawie której powstał GITS. Stąd seria nie koncentruje się na filozoficzno/egzystencjalnych aspektach życia tak jak robił to film. Konwencją jest zbliżony mandze, w której historia z Władcą Marionetek była jedynie opowieścą kończącą ostatni zeszyt mangi. A było to parę zeszytów opowieści o działaniach oddziału specjalnego w niedalekiej przyszłości.

Zatem głównym bohaterem serii jest teraz cała Sekcja 9, stworzona do walki z techno-terroryzmem, oficjalnie formacja nieistniejąca, w której służą tylko najlepsi z najlepszych. Akcja serialu rozgrywa się w alternatywnym świecie przyszłości, gdzie ludzie podłączeni są na stałe do sieci a granica między wirtualnością a realnością jest coraz mniej widoczna.

W pierwszej odsłonie Stand Alone Complex, sekcja 9 tropi tajemniczego hackera o ksywce "The Laughing Man", który nigdy nie został pojęty choć stał za wieloma aktami terroryzmu wobec firm farmaceutycznych. Jednak w miarę śledztwa okazuje się że być może taki hacker w ogóle nie istniał, a za wszystkim stoi tytułowy stand alone complex, czyli grupa ludzi którzy dzieląc taką samą ideologię, którzy tworzą nieświadomie jedną strukturę w sieci i nie znając się nawet, działają jako jedność. Czy jednak napewno? I czy to jest tylko jedno dno tej afery?

Akcja serialu ma miejsce przed wydarzeniami z "Ghost in the Shell". Bohaterem serii jest cała Sekcja 9 Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Serial ma wiele wątków pobocznych. Wątkiem głównym jest próba odnalezienia hakera, który stał się ikoną współczesnej kultury i nazywa siebie śmiejącym się człowiekiem.

Piękna i śmiertelnie niebezpieczna Motoko kontynuuje swoją misję: tropienie przestępstw niezależnie gdzie zostały popełnione - w realnym świecie czy cyberprzestrzeni. Pomagają jej w tym wierni współpracownicy z elitarnej Sekcji 9.