Nowy rząd Japonii boryka się z problemem uchodźców azjatyckich, domagających się utworzenia własnego państwa. Odwlekanie sprawy doprowadza do ataków terrorystów, domagających się rozwiązania problemu uchodźców. Przywróceni do służby: Motoko Kusanagi i jej odział, prowadzą śledztwo w tej sprawie.

Druga seria, Stand Alone Complex, równie wciągająca i zaskakująca jak oryginał:

Nowa Premier Japonii, chce dać obywatelstwo milionom uchodźcom po III wojnie światowej (zwanej w świecie GITS drugą wojną wietnamską), którzy koczują na terenie Japonii. Jednak nagła fala ataków terrorystycznych wymierzonych przeciw nim, z bliżej nieznanej zaczyna destabilizować sytuację w kraju, który zaczyna podążać w stronę wojny domowej. Tu wkracza Sekcja 9 by odnaleźć tajemniczych zamachowców, nieuchwytnych bo tworzących coś na kształt nowego Stand Alone Complex. Ale czy na pewno? i co ma z tym wszystkim wspólnego tajemniczy Pan Gouda z jeszcze bardziej tajemniczego biura Doradztwa Do Możliwych Zmian W Długofalowej Strategii Obronnej, przy ministerstwie obrony? No i w końcu kim jest Partykularna 13, grupa która wyznaczyła sobie za cel usunięcie uchodźców z Japonii? Złożona z przypadkowych ludzi których łączy tylko fakt że czytali rozdział z książki pewnego rewolucjonisty. W końcu kim jest dziwny przybysz z przeszłości Motoko, który powoduje że żelazna Pani Major straci panowanie nad sytuacją? Wszystko to oraz kolejna porcja Tachikom, czeka na obejrzenie.