Wojny klonów rozprzestrzeniły się na całą galaktykę. Bohaterscy rycerze Jedi walczą, by utrzymać porządek i przywrócić pokój. Coraz więcej systemów pada ofiarą Ciemnej Strony Mocy, ponieważ Republika Galaktyczna ugina się pod naciskiem Separatystów i ich nowej ogromnej armii droidów. Anakin Skywalker i jego uczeń Padawan Ahsoka Tano wyruszają na misję. Pierwszym zadaniem jest spotkanie twarzą w twarz z lordem kryminalistów Jabbą the Hutt. Jednak Hrabia Dooku i jego groźni agenci, wliczając w to nikczemną Asajj Ventress, upewniają się, ze Anakin i Ashoka zawodzą w ich poszukiwaniach. Przez ten czas, na liniach frontu Wojen Klonów, Obi-Wan Kenobi i Mistrz Yoda prowadzą masywną armię klonów, by stawić opór siłom zbrojnym Separatystów.

Wojny klonów rozprzestrzeniły się na całą galaktykę. Padawan Ashoka Tano i jego mistrz Anakin Skywalker są na misji, której zakończenie trudno przewidzieć. Na liniach frontu trwa walka. Separatyści mają nową, niebezpieczną broń. Padme i C3PO zostają pojmani podczas bitwy. Pojawiają się także niebezpieczni piraci. Tylko Jedi mogą przywrócić równowagę w galaktyce.

Serial opowiada o walce armii klonów Republiki z siłami separatystycznymi hrabiego Dooku. Zakon Jedi walczy o przywrócenie pokoju w galaktyce, prowadząc armię Republiki składającą się z genetycznie zmodyfikowanych klonów przeciwko wielkiej armii droidów Sojuszu Separatystów, która dowodzona jest przez złego hrabiego Dooku. Walki odbywają się na setkach różnych planet, a w miarę narastania konfliktu bohaterowie pogrążają się w coraz większym wojennym chaosie… Produkcja jest kroniką przygód Anakina Skywalkera, Obi-Wana Kenobiego, Yody, Ahsoki Tano i innych postaci walczących z ciemną stroną w trakcie wojen klonów.