Farscape: The Peacekeeper Wars jest bezpośrednią kontynuacją przygód astronauty Johna Crichtona i jego przyjaciół znanych z serialu Farscape. John trafia w środek galaktycznej wojny toczonej przez Rozjemców i jaszczurowatych Scarran. Co gorsza obydwie zwaśnione frakcje dążą do schwytania bohatera celem wydobycia z niego wiedzy na temat kontrolowania tuneli czasoprzestrzennych, z których zamierzają uczynić broń. John podejmuje się próby zaprowadzenia pokoju z pomocą starożytnej rasy mediatorów zwanych Eidolonami. Jednak gdy w ruch idzie ciężka artyleria a każda ze stron dąży do dominacji w Galaktyce o pokój nie jest łatwo.