"Batman: Arkham Origins" cofa fabułę gry o kilka lat przed wydarzenia znane z wielokrotnie nagradzanych "Batman: Arkham Asylum" i "Batman: Arkham City", a także znacznie rozszerza świat gry. Akcja rozgrywa się w mieście, w którym nie doszło jeszcze do kulminacyjnego wzrostu przestępczości. Młody, nieukształtowany jeszcze Batman staje u progu kariery pogromcy kryminalistów, która ostatecznie zdefiniuje go jako Mrocznego Rycerza. W czasie postępu gry bohater po raz pierwszy spotka wiele ważnych postaci, z którymi zawiąże decydujące relacje.

Gotham, Wigilia Bożego Narodzenia. Minęły 2 lata, odkąd Bruce Wayne nocami zaczął przywdziewać kostium człowieka-nietoperza i jako Batman wymierzać sprawiedliwość przestępcom w mieście, w którym skorumpowana policja nie robi nic, by chronić mieszkańców. Roman Sionis, właściciel kilku firm i potężny gangster używający pseudonimu Czarna Maska, wyczuwa zagrożenie ze strony Batmana i postanawia wyznaczyć nagrodę za jego głowę. Do walki o 50 milionów dolarów staje 8 wykwalifikowanych zabójców. Na wykonanie zadania mają czas do rana. Jako że prawdziwej tożsamości Batmana nie zna niemal nikt, Alfred, kamerdyner rodziny Wayne'ów, radzi mu, by został w domu. Ten jednak wie, że takie rozwiązanie sytuacji naraziłoby na niebezpieczeństwo wielu mieszkańców Gotham i decyduje się stawić czoła złoczyńcom.