Akcja "Red Faction II" rozgrywa się przed wydarzeniami poznanymi w poprzedniej części. Od kilkunastu lat okrutny dyktator Sopot twardą ręką sprawuje władzę w Commonealth. Przez ten czas zdążył wywołać wojnę, która zdziesiątkowała ludność, spustoszyła kraj i zrujnowała życie przeciętnym obywatelom. Trzeba wreszcie położyć kres bezdusznym rządom tyrana.

Gracz wciela się w Aliasa - członka sześcioosobowego oddziału super-nano-żołnierzy - specjalizującego się w obsłudze materiałów wybuchowych. Wraz z kolegami: Molovem, Reptą, Shrike'm, Tangierem i Quillem, musi zlikwidować Sopota, przerywając tym samym jego okrutną dyktaturę.