Stany Zjednoczone roztoczyły swą obecność militarną nad 2/3 krajów na całym świecie. Dwanaście z nich ma tego dość i ogłasza terrorystyczne ultimatum znane pod nazwą Czarnej Listy - to zabójcza wyliczanka nasilających się ataków terrorystycznych na amerykańskie cele. Sam Fisher staje na czele nowo uformowanej jednostki zwanej Czwartym Eszelonem: tajnego ugrupowania, które odpowiada bezpośrednio przed prezydentem Stanów Zjednoczonych. Sam i jego drużyna muszą dopaść tych terrorystów za pomocą wszelkich środków i zatrzymać ludzi realizujących Czarną Listę, zanim ta makabryczna wyliczanka zostanie zrealizowana.

Majid Sadiq wraz z grupa terrorystów o nazwie Inżynierowie przeprowadza atak na amerykańską bazę wojskową. Owe natarcie to jednak początek większego planu Sadiqa, nazwanego "Blacklist". Pod groźbą kolejnych ataków na cele w USA, mężczyzna żąda wycofania żołnierzy ze wszystkich 153 krajów, w których stacjonuje amerykańska armia. Prezydent USA postanawia więc utworzyć specjalną grupę operacyjną o nazwie "Czwarty Eszelon". W jej skład wchodzą: dowódca Sam Fisher, informatyk Charlie Cole, agent operacyjny Isaac Briggs oraz Anna “Grim” Grimsdottir. Razem będą musieli odnaleźć i powstrzymać szaleńca, zanim ten wcieli swój groźny plan w życie.