Dwa lata pod postacią Batmana (Robert Pattinson) i strach w sercach kryminalistów sprawiły, że Bruce Wayne ujrzał najmroczniejsze oblicze Gotham City. Mając u boku jedynie garstkę zaufanych sojuszników - w tym Alfreda Pennywortha (Andy Serkis) i porucznika Jamesa Gordona (Jeffrey Wright) - i występując przeciwko sitwie skorumpowanych urzędników oraz osobistości, samotny mściciel stał się w mniemaniu obywateli miasta jedynym obrońcą sprawiedliwości. Nieznany zabójca w sadystyczny i wyrachowany sposób nęka elitę Gotham. Największy Detektyw Świata, kierując się zaszyfrowanymi wiadomościami, trafia do półświatka. Tam w trakcie swojego śledztwa spotyka takie postacie jak Selina Kyle, zwana Kobietą-Kot (Zoë Kravitz), Oswald Cobblepot, czyli Pingwin (Colin Farrell), Carmine Falcone (John Turturro) i Edward Nashton, aka Człowiek-Zagadka (Paul Dano). Wreszcie dowody zaczynają się konkretyzować, a zamiary sprawcy stają się jasne. Batman zostaje zmuszony do szukania nowych sprzymierzeńców, żeby zdemaskować winowajcę i położyć kres nadużywaniu władzy i korupcji, od dawna nękających Gotham City.

W swoim drugim roku walki z przestępczością Batman odkrywa korupcję w Gotham City. Jednocześnie ściga Człowieka-Zagadkę, seryjnego mordercę, którego celem jest elita Gotham. W trakcie śledztwa Batman zmuszony jest
nawiązać nowe sojusze.

Gotham City, sadystyczny seryjny morderca, Człowiek-Zagadka, zaczyna mordować ważne osobistości ze świata polityki, rozpoczynając tym samym grę z Batmanem. Bruce Wayne współpracując z Departamentem Policji Gotham City, śledzi ukrytą korupcję w mieście. Prowadzone śledztwo doprowadza do odkrycia ciemnych sekretów związanych z jego rodziną.