Akcja filmu przedstawia alternatywną wersję wydarzeń opowiedzianych w drugim sezonie serialu "Gintama". Tym razem firma Gintokiego Sakaty (Yorozuya) dostaje zlecenie, by odnaleźć "Benizakurę" - legendarny miecz wykuty przez mieszkającego w Edo mistrza. W tym samym czasie w mieście rozchodzi się pogłoska o skrytobójcy, który pod osłoną nocy zabija samurajów. Kiedy jedną z ofiar ataków pada Katsura - bliski przyjaciel Gintokiego, Kagura i Shinpachi postanawiają rozwikłać zagadkę mordercy. Jak się okazuje te dwie pozornie różne sprawy są ze sobą ściśle powiązane.