Sheeta jest sierotą. Nie znała swoich rodziców, a jedyną rzeczą jaka jej po nich pozostała jest tajemniczy kamień. Pewnego dnia Sheeta spotyka na swojej drodze Pazu, chłopca, który od tej pory towarzyszył będzie w jej przygodach. dzieci wspólnie będą musiały stawić czoła podniebnym piratom i tajemniczej rządowej organizacji, które za wszelką cenę będą chciały zdobyć tajemniczy kamień Sheety umożliwiający lewitację...

Życie Pazu, osieroconego chłopca z górniczej osady, zmienia się w jednej chwili, kiedy prosto w jego ramiona z nieba spada dziewczynka z zawieszonym na szyi jasnozielonym kamieniem. Okazuje się, że Sheeta i jej tajemniczy naszyjnik są kluczami do odnalezienia mitycznego, unoszącego się gdzieś pośród chmur, pełnego tajemnic i skarbów zamku Laputa, wedle legendy niegdyś zamieszkiwanego przez wysoko rozwiniętą cywilizację.

Sheeta musi uciekać przed wojskiem oraz powietrznymi piratami, którzy za wszelką cenę chcą odnaleźć legendarny zamek...

Sheeta, która jest sierotą, zostaje porwana przez tajemniczą organizację rządową odbierającą jej jedyną pamiątkę po mamie, tajemniczy kamień, który od wieków jest w jej rodzinie. Kiedy na statek powietrzny, którym zostaje przewożona napadają piraci, Sheeta odzyskuje kamień, jednak podczas ucieczki spada ze statku. Kamień ratuje jej życie, a dziewczynka trafia do osady górniczej, gdzie opiekuje się nią mały Pazu. Ojciec Pazu jako jedyny człowiek zrobił kiedyś zdjęcie Laputy, zamku w chmurach i chłopiec chce teraz za wszelką cenę odnaleźć legendarny zamek. Piraci, a konkretnie klan Dory oraz członkowie tajemniczej organizacji rządowej nie dają za wygraną. Podczas ucieczki dzieci przed nimi kamień ponownie ratuje życie dziewczynki i chłopca. W kopalni, do której trafiają, spotykają starego Pomme, ten pokazuje im tajemniczą poświatę w kopalni oraz mówi im o tym, że kamień Sheety jest zrobiony z czystego kryształu Levistone. Taki kamień stworzyć mogli tylko dawno temu mieszkańcy Laputy ...

Historia dwójki sierot, które łączy przypadek. Oboje mają jednak więcej wspólnego niż mogą na początku przypuszczać. Dziewczynka Sheeta, ma tajemniczy kamień Levistone, który chroni ją przed upadkami, a który to został zrobiony na Lapucie, legendarnym zamku w chmurach. Chłopiec Pazu poszukuje zaś Laputy, aby udowodnić, że jego ojciec nie kłamał widząc ją jako jedyny człowiek i robiąc jej zdjęcie. Dwójkę dzieci łączy przyjaźń, która jednoczy je w walce z piratami oraz organizacją rządową. Ich wrogom zależy jedynie na ograbieniu Laputy ze starożytnych skarbów. Czy dwójka dzieci jest w stanie walczyć z takimi przeciwnikami?