"Maria Panna Nilu" to filmowa adaptacja książki Scholastique Mukasongi o tym samym tytule, nagrodzonej jedną z najważniejszych francuskich nagród literackich – Nagrodą Renaudot. W katolickiej szkole im. Marii Panny Nilu, prowadzonej przez siostry zakonne w 1973 r. w Rwandzie, kształcone są dziewczęta mające być przyszłą elitą tego kraju. I choć dziewczęta dzielą podobne marzenia i pragnienia, coraz częściej pojawiają się konflikty pomiędzy uczennicami z plemienia Tutsi i Hutu. Do tragedii dochodzi, gdy jedna z dziewcząt doprowadza do wtargnięcia do szkoły wojskowych, którzy urządzają polowanie na uczennice Tutsi. Czystka w szkołach, kościołach, administracji i na uniwersytetach z 1973 r. na zawsze zmieni Rwandę, zapowiadając przyszłe straszliwe wydarzenia.