Dwa lata po rozwiązaniu Mystery Incorporated, Scooby-Doo oraz jego przyjaciele: Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard) i Velma (Linda Cardellini) zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię paranormalnych wydarzeń. Właściciel wyspy, Emile Mondavarious (Rowan Atkinson), obawia się, że jego popularny kurort rzeczywiście może być nawiedzony. Robi wszystko, co w jego mocy, by pojednać skłóconych członków grupy i pomóc im w wyjaśnieniu tajemnicy, nim nadnaturalne zjawiska wystraszą tłumy jego gości. Scooby i jego wspólnicy będą musieli przezwyciężyć osobiste animozje i zapomnieć o wszystkim, co wiedzą (lub wydaje im się, że wiedzą) na temat fałszywych duchów i zjaw, by rozwiązać sprawę, uratować siebie i - być może - cały świat.

Film opowiada o losach bohaterów animowanego serialu o tym samym tytule. Jest to wersja trochę alternatywna do kreskówki, bowiem film zaczyna się kłótnią głównych bohaterów, w wyniku której rozpada się ich paczka. Po dłuższym czasie otrzymują oni propozycję rozwiązania zagadki pewnej wyspy i wyruszają podjąć wyzwanie, jednak każdy osobno. Spotykają się na wyspie, ale mimo wszystko nie chcą podjąć współpracy. Jednak dalszy gwałtowny tok wydarzeń i niebezpieczeństwo w jakie wpada Scooby-Doo zmusza ich do podjęcie wspólnych działań. Paczka znów razem próbuje rozwikłać zagadkę, ale tym razem role bohaterów ulegają zamianie. I tak okazuje się, że Dafne wcale nie jest taką słabą kobietką, jaką była wcześniej. Oczywiście połączone siły bohaterów doskonale radzą sobie ze złem i zostaje ono pokonane.

Po rozprawieniu się z kolejnym oszustem udającym ducha dochodzi do rozstania członków grupy detektywistycznej Mystery Inc. Wierni przyjaciele, Scooby i Shaggy, trzymają się razem, natomiast pozostali ruszają każdy w swoją stronę. Dwa lata później dostają zaproszenie od właściciela Wyspy Strachów, Emila Mondavariousa (Rowan Atkinson), który musi użyć podstępu, aby wszyscy członkowie Mystery Inc. ponownie się zeszli i pomogli mu w rozwikłaniu niezwykle trudnej zagadki. Otóż okazuje się, że od pewnego czasu goście popularnego kurortu, którego jest właścicielem, zaczynają zachowywać się wyjątkowo agresywnie. Scooby-Doo i jego przyjaciele Shaggy (Matthew Lillard), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Fred (Freddie Prinze Jr.) i Velma (Linda Cardellini) dołożą wszelkich starań, aby rozwikłać tą tajemnicę.

Scooby-Doo, Fred (Freddie Prinze Jr.), Kudłaty (Matthew Lillard), Velma (Linda Cardellini) i Daphne (Sarah Michelle Gellar) tworzą zgraną grupę detektywistyczną specjalizującą się w demaskowaniu upiorów - Mistery Inc. Lecz wkrótce grupa się rozpada. Dwa lata po tym wydarzeniu wszyscy jej członkowie, z osobna, dostają zaproszenie na Wyspę Strachów, która jest modnym parkiem rozrywki Emile'a Mondavariousa (Rowan Atkinson). Mają tam zbadać szereg paranormalnych zdarzeń, jakie miały w nim miejsce. Mondavarious sądzi, że za wszystkim stoją potwory. I pomimo iż Fred, Daphne, Velma oraz Kudłaty ze Scoobym dwa lata się nie widzieli, razem postanawiają przeprowadzić kolejne śledztwo.

Mijają dwa lata. Scooby i Shaggy porzucają branżę detektywistyczną, oddając się z pasją temu, co lubią najbardziej - nieustannej degustacji smakowitych potraw. Pozostali członkowie także próbują swoich sił w różnych dziedzinach.
Nic więc dziwnego, że zrazu niechętnie odpowiadają na zaproszenie właściciela
Wyspy Strachów, Emila Mondavariousa (Rowan Atkinson), który musi uciec się do podstępu, aby wszyscy członkowie Mistery Inc. zgodzili się przyjść mu z pomocą w rozwikłaniu niezwykle trudnej zagadki. Otóż okazuje się, że od pewnego czasu goście popularnego kurortu, którego jest właścicielem, zaczynają zachowywać się wyjątkowo agresywnie. Mondavarious podejrzewa wpływ czarnej magii, a nawet duchów. Rozwiązanie zagadki zostawia naszym bohaterom, którzy pomimo starych animozji, dołożą wszelkich starań, aby rozwikłać tą tajemnicę...
[opis dystrybutora]

Fabularna wersja jednego z najpopularniejszych seriali animowanych na świecie, którego odcinki powstają po dzień dzisiejszy.
Głównymi bohaterami są przebojowy Fred, inteligentna Velma, piękna i zaradna Dafne, oraz bojaźliwi i wiecznie głodni Kudłaty i pies Scooby-Doo, którzy należą do detektywistycznej spółki zwanej Mistery Inc. Po rozwiązaniu zagadki Księżycowego Ducha, drużyna nieoczekiwanie rozpada się i każdy postanawia iść własną drogą. Dwa lata później, każdy z nich dostaje zaproszenie na Wyspę Strachów, na której za odpowiednią zapłatą, mają rozwikłać niezwykle trudną i tajemniczą zagadkę. Wszyscy zgadzają się, lecz postanawiają działać na własną rękę.

Dwa lata po rozwiązaniu Mystery Inc., wymuszonym różnicą charakteru wspólników, Scooby-Doo i jego przyjaciele zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię paranormalnych wydarzeń.

O rety! Dwa lata po tym, jak różnice charakterów zmusiły Brygadę Detektywów do zakończenia działalności, Scooby-Doo i jego kompani – Fred, Daphne, Kudłaty i Velma – zostają osobno wezwani na Wyspę Strachów, by zbadać serię paranormalnych wydarzeń w ulubionym miejscu wypoczynku studentów. Obawiając się, że ta bardzo popularna miejscowość może być naprawdę nawiedzona, Emile Mondavarious, właściciel Wyspy Strachów, postanawia zebrać całą drużynę wścibskich detektywów i nakłonić ich do rozwiązania zagadki, zanim utrzymywane w tajemnicy siły nadprzyrodzone odstraszą tłumy studentów.

Fabularna wersja animowanego serialu z lat 60-tych.
Dwa lata po rozpadzie spółki Mystery Inc. jej byli członkowie spotykają się ponownie za sprawą tajemniczego Emila Mondavariousa. Jest on właścicielem Wyspy Strachów, popularnego wśród młodzieży parku rozrywki, w którym ma miejsce seria dziwnych wydarzeń. Początkowo skłóceni ze sobą członkowie Mystery Inc. prowadzą odrębne dochodzenia. Z czasem przekonują się, że ich przyjaźń nie umarła. Postanawiają zatem połączyć siły i wspólnie rozwikłać zagadkę...