Konkluzja popularnej serii Neon Genesis Evangelion. Po zwycięstwie nad ostatnim Aniołem organizacja SEELE przystepuje do dokonania celu, w jakim pierwotnie stworzono ją i NERV - zakończenia Human Complement Project (HCP), czyli Projektu Dopełnienia Ludzkości. Ma on spowodować przyspieszoną ewolucję rodzaju ludzkiego: nadanie mu jedności poprzez śmierć i uwolnienie wszystkich dusz. Jednakże kluczowy element, niezbędny do przeprowadzenia projektu - Evangelion Unit-01, jako klon Anioła - znajduje się w rękach NERV-u, który wymknął się spod kontroli SEELE, a dowódca tej organizacji, Gendo Ikari, zamierza przeprowadzić HCP według własnego zamysłu i w jednym tylko celu: ponownego spotkania ze swoją zmarłą przed laty żoną Yui. W zaistniałej sytuacji SEELE używa wszystkich swoich sił i dokonuje inwazji na centrum dowodzenia NERV-u. Wydarzenia nieuchronnie zmierzają do Trzeciego Uderzenia... W ostatecznym rozrachunku kluczem do wszystkiego okaże się pilot jednostki 01, Shinji Ikari - chłopak, który po przeżytych wstrząsach psychicznych znalazł się w totalnym dołku i niemal stracił kontakt z rzeczywistością. Jednakże to właśnie jego decyzje zaważą na losie całej ludzkości...

Organizacja SEELE odkrywa prawdziwe plany Gend? Ikari`ego i postanawia uderzyć na bazę NERV używając do tego nowej wersji bezzałogowych Evangelionów. W tym samym czasie Asuka budzi się ze śpiączki, Rei decyduje o własnym "ja" a Shinji próbuje pokonać własne słabości. Czy bohaterom uda się wygrać z własnymi słabościami i uratować świat przed Third Impact?