W latach 40. XX wieku w odosobnionym, australijskim klasztorze zakonnica renegatka, siostra Eileen prowadzi sierociniec dla aborygeńskich dzieci. Pewnej nocy pod jej skrzydła trafia nowy podopieczny, chłopiec, który wydaje się posiadać wyjątkowe moce. Gdy klasztor obejmuje w posiadanie cenną relikwię, dużą rzeźbę Chrystusa na krzyżu, nowy chłopiec po raz pierwszy spotyka na swojej drodze Jezusa i jest głęboko zafascynowany. Jednak tradycyjne wierzenia są trudne do pogodzenia z chrześcijaństwem i tajemnicza moc nowoprzybyłego wkrótce staje się zagrożeniem. W tej opowieści o duchowych zmaganiach i koszcie przetrwania, siostra Eileen staje przed wyborem pomiędzy tradycjami swojej wiary a prawdą, którą uosabia chłopiec.

Akcja nowego filmu Warwicka Thorntona osadzona jest w latach 40. XX wieku, w odległej placówce pełniącej rolę schroniska dla porzuconych dzieci. Anonimowy chłopiec o rdzennych korzeniach trafia tam pod opiekę nadzwyczaj pobożnej siostry zakonnej Eileen (Cate Blanchett). Choć siostra Eileen okazuje dużo empatii, konsekwentnie dąży do nawracania młodych na religię chrześcijańską. Staje się to dla kobiety szczególnym wyzwaniem, gdy niektórzy podopieczni, w tym nowy chłopiec, zamiast komunikować się po angielsku, porozumiewają się niewerbalnie. Mimo trudności językowych tych dwoje zdaje się kontaktować w sposób niemal duchowy, do czego przyczyniać może się fascynacja chłopca rzeźbionym krucyfiksem. Wywołujące szereg niełatwych do wyjaśnienia zjawisk zainteresowanie chłopca, staje się dla siostry Eileen intrygującą zagadką. "The New Boy" to kolejna poruszająca opowieść Thorntona o rdzennej ludności Australii i kolonialnej spuściźnie, imponująco zilustrowana klimatyczną muzyką Nicka Cave’a i Warrena Ellisa.