Miasto potrzebuje bohaterów. Ciemność zapanowała w Nowym Jorku, bo Shredder i jego Klan Walczących Stóp trzymają wszystkich w ryzach - od policji po polityków. Przyszłość wygląda ponuro, ale nagle spod ziemi wyrastają czterej niezwykli bracia - Wojownicze Żółwie Ninja. Żółwie muszą współpracować z nieustraszoną dziennikarką April O'Neil (Megan Fox) i jej superinteligentnym kamerzystą Vernem Fenwickiem (Will Arnett), aby uratować miasto i powstrzymać diaboliczny plan Shreddera.

Wojownicze Żółwie Ninja są większe i lepsze, niż kiedykolwiek w tym przebojowym filmie pełnym akcji i humoru. Gdy Nowy Jork jest w tarapatach, to właśnie oni - czterej bracia, kochający pizzę wojownicy ninja - muszą go ocalić. Z pomocą reporterki April O'Neil (Megan Fox) i mistrza Splintera, niezwykli bohaterowie stawiają czoła swemu przeznaczeniu i największemu wrogowi - złowieszczemu Shredderowi.

Zapanował trudny czas dla Nowego Jorku. Shredder (Tohoru Masamune) i jego Klan Walczących Stóp terroryzują wszystkich – od policji po najważniejszych polityków w mieście. Przyszłość nie przedstawia się różowo. Z odsieczą przychodzą jednak cztery wojownicze żółwie ninja – Donatello (Jeremy Howard), Michaelangelo (Noel Fisher), Raphael (Alan Ritchson) i Leonardo (Pete Ploszek). Pomagają im nieustraszona dziennikarka April O'Neil (Megan Fox) oraz jej kamerzysta Vern Fenwick (Will Arnett). Razem bohaterowie są w stanie spróbować powstrzymać Shreddera i uratować Nowy Jork przed upadkiem.