Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Daphne zamieszkuje w Londynie u swojego ojca, który lata temu porzucił jej matkę. Prosta dziewczyna musi przyzwyczaić się do sztywnych zasad panujących na angielskim dworze.