Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.

Naruto wraca do Konohy, by dotrzymać słowa złożonego Sakurze i uwolnić Sasuke z rąk Orochimaru.

Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie "zepsutego" księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast "Kopiujący ninja" i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.

Będący w posiadaniu magicznego artefaktu Yugi zmuszony jest stanąć do walki o duszę dziadka podczas turnieju karcianego.

Grupa nastolatków przenosi się do wirtualnego wymiaru, gdzie poznaje stwory zwane Digimonami. Razem z nimi walczą ze złem zagrażającemu światu.