Ageha wychowuje swojego przyrodniego brata wiedząc, że ten kiedyś go zabije by przejąć władzę w kraju.

Tsukune przypadkowo wsiada do autobusu, który jest własnością szkoły potworów.

W odizolowanej od świata podziemnej wiosce, Kamina i Simon irytują do granic możliwości swojego wodza. Wszytko ulega zmianie, kiedy Simon potyka się o fantastyczne urządzenie, a spokój osady zostaje naruszony przez brutalnych intruzów.

Będący w posiadaniu magicznego artefaktu Yugi zmuszony jest stanąć do walki o duszę dziadka podczas turnieju karcianego.

Grupa nastolatków przenosi się do wirtualnego wymiaru, gdzie poznaje stwory zwane Digimonami. Razem z nimi walczą ze złem zagrażającemu światu.