Pewnego dnia Yomogi Asanaka, uczeń pierwszego roku liceum Fujiyokidai, poznaje tajemniczego mężczyznę o imieniu Gauma, który twierdzi, że jest "użytkownikiem kaiju". Po nagłym pojawieniu się potworów, do akcji wkracza także gigantyczny robot DYNAZENON. Yomogii i jego przyjaciele, którzy znaleźli się w niewłaściwym miejscu o niewłaściwym czasie, zostają wciągnięci w walkę z kaiju.
Ziemski sojusz jest osłabiony, dlatego Harou zastanawia się nad sprzymierzeniem się z rasą Exif, która może sprowadzić na świat zagrożenie w postaci potężnego potwora.
Tsubasa Oozora rozpoczyna piłkarską karierę i walczy o spełnienie swoich największych marzeń, w tym występ na mistrzostwach świata z reprezentacją Japonii.
Pokolenie Cudów razem z Kuroko i Kagami tworzą Drużynę Vorpal Swords, aby wyzwać graczy Jabberwock na mecz po tym, jak ten zdyskredytował wszystkich japońskich koszykarzy jako małpy.
W jedenastym roku ery Meiji miecze zostają zakazane przez rząd, co przyczynia się do powolnego upadku samurajów. Wiele osób nie akceptuje zmian zachodzących w Japonii, przez co przestępczość nieuchronnie wzrasta. Rozwiązaniem dla kraju okazuje się więzienie na środku jeziora, z którego trudno uciec. Transportem więźniów zajmuje się trzech chłopców z rodziny Kumo.
Pewnego razu Sakura Sakurakouji jadąc autobusem spogląda za okno, a jej oczom ukazuje się widok ludzi palonych przez błękitne płomienie oraz chłopaka w jej wieku, który stoi pośród nich cały i zdrowy. Jednak gdy następnego dnia dziewczyna wraca na miejsce zdarzenia, nie ma tam żadnych spalonych ciał, ani innego dowodu morderstwa. Tymczasem do klasy Sakury dołącza nowy uczeń, a dziewczyna uświadamia sobie, że to właśnie jego widziała tamtej nocy. Chłopak, Rei Ogami, okazuje się być jednym z Code Breakerów - zabójców ze specjalnymi mocami, pracujących na zlecenie rządu.
Pół roku od emisji ostatniego odcinka, Gintoki wraca do anime. Gdy dociera do domu, odkrywa, że nikt go nie pamięta, a jego miejsce zajął mężczyzna w prostych blond włosach, płacący na czas czynsz i przez wszystkich uwielbiany - Kintoki. Założyciel Yorozuyi nie zamierza zrezygnować z należnej mu pozycji za ponad 250 odcinków ciężkiej pracy, jak i ze swoich przyjaciół. W Dzielnicy Kabuki rozpoczyna się pojedynek między srebrem a złotem. Jak się on potoczy? I co jeszcze czeka Gina, Shinpachi'ego i Kagurę?
Kon Hokaze najchętniej spędzałby czas grając w gry komputerowe. Pewnego dnia chłopak oferuje swą pomoc poznanej w wirtualnej rzeczywistości pięknej nieznajomej i w ramach wywiązania się z danej obietnicy, zostaje bez uprzedzenia wysłany do innego świata. Trafiając w sam środek zaciętej walki, przypadkowo ratuje z opresji księżniczkę Ecarlate wraz z jej świtą. Z braku innej opcji Kon przyłącza się do grupy przyszłej władczyni, szukając równocześnie sposobu powrotu do domu. W tym samym czasie ich śladem podąża grupa Incognito z Elekpylem Dukakisem na czele, próbująca za wszelką cenę nie dopuścić, by księżniczka dotarła do celu swej podróży.
Serial jest kolejną częścią przygód Gintokiego Sakaty i jego przyjaciół. Gintoki to weteran walk z Amanto - kosmitami którzy najechali na naszą planetę. Teraz gdy czasy się zmieniły samurajowie są jedynie reliktem przeszłości. Aby związać koniec z końcem ten srebrzysto-włosy samuraj podejmuje się różnego rodzaju zajęć, przez które zwykle wpada w niemałe tarapaty. Kłopoty lubią przyciągać także jego przyjaciele: Kagura i Shinpachi. Jednak co by się nie działo, ta trójka nigdy nie traci ducha i potrafi wyjść cało nawet z największych opresji.