Po latach bycia chronionym przed ludzkim światem, bracia wyruszają, aby zdobyć serca nowojorczyków i zostać zaakceptowanym jako normalni nastolatkowie poprzez bohaterskie czyny. Ich nowa przyjaciółka April O'Neil pomaga im w walce z tajemniczym syndykatem.

Dwóch złośliwych dzieciaków, George Beard oraz Harold Hutchins, hipnotyzują swojego dyrektora szkoły i zmieniają go w postać z ich komiksu.