Stephen Fry urodził się 24 sierpnia 1957 roku w Londynie (Anglia, Wielka Brytania). Jest synem Marianne Eve (z domu Newman) i Alana Johna Fry'a, brytyjskiego fizyka i wynalazcy. Ma starszego brata Rogera i młodszą siostrę Jo Foster, która jest jego agentką. Stephen dorastał w wiosce Booton, w hrabstwie Norfolk (Anglia, Wielka Brytania). Kiedy był nastolatkiem został wyrzucony z kilku szkół. W wieku 17 lat opuścił Norfolk College of Arts and Technology, ukradł kartę kredytową rodzicom swojego przyjaciela i uciekł. Został aresztowany i w rezultacie spędził trzy miesiące w więzieniu. Następnie postanowił wznowić naukę - poszedł do City College Norwich. Jego wyniki były tak dobre, że uzyskał stypendium Queens' College w Cambridge. W czasie studiów Fry dołączył do Cambridge Footlights (amatorskiego teatru studenckiego), gdzie poznał swojego najlepszego przyjaciela i przyszłego współtwórcę skeczów - Hugh Laurie'ego. Ostatecznie Stephen ukończył anglistykę.

Na dużym ekranie zadebiutował epizodem w 1981 w "Rydwanach ognia". Karierę w telewizji rozpoczął rok później, występując w programie "The Cellar Tapes", tworzonym przez Laurie'ego, Emmę Thompson i Tony'ego Slattery'ego. Wkrótce Stephen, Hugh i Emma zostali zatrudnieni u boku Bena Eltona w "There's Nothing to Worry About!". Kolejne lata w karierze Fry'a były związane głównie z pracą na małym ekranie. W latach 1986-1995 BBC emitowało "Kawałek Fry'a i Laurie'ego". Serial był wysoko oceniany przez krytyków. Fry pracował też w radiu i telewizji oraz pisał artykuły w gazetach (m.in. dla "Daily Telegraph"). Od drugiego sezonu grał w "Czarnej Żmii". 

Od końca lat 80. aktor zaczął częściej pojawiać się w filmach. Wystąpił m.in. w "Rybce zwanej Wandą", "Garści prochu" czy "Narzeczonej dla geniusza". W 1995 roku zagrał główną rolę w sztuce "Cell Mates", która niestety nie odniosła sukcesu. Niepochlebne recenzje spowodowały, że Fry nic nikomu nie mówiąc, zniknął na kilka dni. Krótko po tym zdarzeniu, jeszcze w tym samym roku zostały u niego zdiagnozowane zaburzenia afektywne dwubiegunowe. Przez długi czas ukrywał chorobę, jednak w 2006 roku zdecydował się nakręcić dokument "The Secret Life of Manic Depressive", w którym otwarcie o niej mówił.

W 1997 wcielił się w postać brytyjskiego pisarza Oscara Wilde'a w filmie "Wilde. Historia pisarza", który odniósł ogromny sukces, a Fry'owi przyniósł nominację do Złotego Globu. Dwa lata później wrócił w kolejnej odsłonie produkcji "Czarna żmija" - "Tam i z powrotem". Za udział w dramacie "Gosford Park" zdobył Satelitę i nagrodę Amerykańskiej Gildii Aktorów Filmowych. W 2003 roku zadebiutował jako reżyser filmem "Cudowne lata bohemy" (nominacja do nagrody specjalnej BIFA). W kolejnych latach zagrał m.in. w "V jak Vendetta", serialu "Kingdom" i obrazie "Sherlock Holmes: Gra cieni".

W 2013 roku Stephen Fry dołączył do obsady produkcji "Hobbit: Pustkowie Smauga". Rolę władcy Esgarotha powtórzył w kolejnej części cyklu - "Bitwie Pięciu Armii". W nagradzanym obrazie "Przyjaźń czy kochanie?" wykreował postać pana Johnsona. Aktor nadal pojawia się w telewizyjnych produkcjach, takich jak "Kości" czy "Bo to grzech".

W 2015 roku Fry wstąpił w związek małżeński z Elliottem Spencerem. Aktor zaangażowany jest w akcje dobroczynne (m.in. jest współpracownikiem księcia Karola w jego akcji charytatywnej "Prince's Trust") oraz polityczne.