Pewnego dnia, w odległej przyszłości, lekarz zajmujący się naprawą robotów znajduje na wysypisku pod podniebnym miastem Zalem szczątki robota-dziewczynki. Doktor Ido daje jej nowe ciało i obdarza ojcowską miłością, stwarzając Gally, androida o dziecięcej naiwności, z zachowaną z poprzedniego życia umiejętnością walki i zabijania, oraz gotowej w świecie pełnym przemocy, nienawiści i nierówności poświęcić wszystko dla ukochanego Yugo...

Odległa przyszłość. Na wielkich złomowiskach Zalemu doktor Ido znajduje szczątki androida. Postanawia ją nazwać Alita - po swoim kocie. Alita nie pamięta nic ze swojej przeszłości, a tym bardziej nie wie skąd świetnie zna różne style dawno zapomnianych technik walk. Doktor Ido, który traktuje ją jak córkę daje Alicie niesamowite ciało berserkera. Super-silne, super-odporne i super-szybkie. Postanawia ona walczyć z poszukiwanymi przez Zalem przestępcami w Mieście Złomu. Już wkrótce okaże się to dla niej wielkim uciążeniem, gdy dziewczyna zakocha się w Yugo-handlarzu nielegalnymi rdzeniami kręgowymi.