"Batman: Arkham Origins" cofa fabułę gry o kilka lat przed wydarzenia znane z wielokrotnie nagradzanych "Batman: Arkham Asylum" i "Batman: Arkham City", a także znacznie rozszerza świat gry. Akcja rozgrywa się w mieście, w którym nie doszło jeszcze do kulminacyjnego wzrostu przestępczości. Młody, nieukształtowany jeszcze Batman staje u progu kariery pogromcy kryminalistów, która ostatecznie zdefiniuje go jako Mrocznego Rycerza. W czasie postępu gry bohater po raz pierwszy spotka wiele ważnych postaci, z którymi zawiąże decydujące relacje…