Gra należąca do serii Fabula Nova Crystalis, podobnie jak "Final Fantasy XIII" i "Final Fantasy XIII-2" opartych na podobnych założeniach i stylu rozgrywki. Historia rozgrywa się w krainie Oriense, podzielonej na cztery Królestwa, żyjące w pokoju na mocy tzw. Pax Codex. Każda kraina posiada po jednym artefakcie zwanym Kryształem. Władca jednej z nich, Cid Alustyne dzięki Kryształowi Byakko, tworzy niezwyciężoną armię i dzięki potężnej technologii atakuje pozostałe Królestwa. Tylko mała grupka niezwykle uzdolnionych uczniów Akademii Magii w Rubrum może powstrzymać tyrana przed zawładnięciem nad całym światem, wykorzystując moc Kryształu Suzaku. Kiedy Cid negocjuje z władzami Rubrum, studenci Akademii planują niebezpieczną operację odzyskania Kryształu...