Księżniczka i eskortujący ją humanoidalny płaz zostają porwani przez Królową Ciemności. Oddani przyjaciele wyruszają im na ratunek.
Połączone siły żab Battletoads oraz braci Double Dragon stają do walki przeciw sojuszowi złej Dark Queen z wojownikami Shadow Warriors.
Battletoads po raz kolejny muszą powstrzymać przebiegłą Dark Queen, której tym razem w przejęciu władzy nad wszechświatem pomaga Silas Volkmire.