"Naruto: Ultimate Ninja Heroes 2 - The Phantom Fortress" jest kontynuacją gry, wydanej w 2007 roku. Sequel także powstał na podstawie bardzo popularnej mangi autorstwa Masashi Kishimoto, która doczekała się również ekranizacji w postaci serialu anime. Opowiada historię nastoletniego ninja Naruto Umazaki, noszącego w swym ciele zapieczętowaną duszę Lisiego Demona. 

Podobnie jak poprzednio otrzymujemy możliwość walki zarówno samemu jak i w zespole, którego skład wcześniej ustalamy. Wyboru tego dokonujemy spośród dwudziestu postaci. Oczywiście każda z nich posiada techniki walki, w tym również jutsu, niedostępne dla pozostałych. 

Największą nowością w "The Phantom Fortress" jest dodanie trybu Mugenjo. Naszym zadaniem jest w nim przemierzanie kolejnych poziomów stupiętrowej wieży, która pewnego dnia spadła na Wioskę Ukrytego Liścia. Na każdym z poziomów musimy wybrać jedno z kilku dostępnych wyzwań, któremu chcemy stawić czoła, aby mów udać się wyżej.

W trybie multiplayer możemy zarówno współpracować z innymi graczami jak i z nimi rywalizować za pośrednictwem Wi-Fi.