Najpierw rozrzucili zarodniki, które wyniszczyły 99% populacji ziemskiej. Następnie zesłali mutantów do eliminacji reszty, która przetrwała. Potem wkroczyli sami, ze swoją supernowoczesną technologią, by dokończyć dzieła zagłady. W "UFO: Kolejne Starcie" przyjdzie graczowi zmierzyć się z obcą cywilizacją i resztkami sił obronić Ziemię. Stajemy na czele organizacji złożonej z ocalonych. Naszym zadaniem jest zakładanie baz o różnych specyfikacjach: technicznej, biologicznej czy militarnej, kontrola stref oraz wysyłanie myśliwców przechwytujących do walki z obcymi statkami. Esencją gry jest jednak walka w pełni trójwymiarowym środowisku za pomocą odziałów piechoty. Naszym najważniejszym zadaniem będą szturmy na strącone UFO, ochrona cywilów, odbijanie pilotów czy ataki na bazy wojskowe wroga. Gracz ma kontrolę nie tylko nad taktyką, ale również całym przygotowaniem zespołów - od doboru żołnierzy o indywidualnych cechach, aż po najdrobniejsze wyposażenie.