W 2004 startował w wyborach na prezydenta Filipin, jednak przegrał. Uzyskał prawie 12 milionów głosów - tylko o 1 milion mniej niż jego przeciwniczka Gloria Macapagal-Arroyo, która została prezydentem. W uzyskaniu takiego wyniku pomógł mu zapewne wizerunek pozytywnego bohatera, gdyż takie właśnie role grywał w swoich filmach.
Zmarł z powodu zakrzepicy mózgowej w Manili (Filipiny).
Jego ojciec, Fernando Poe, był znanym filipińskim aktorem.