Jest rok 2035. Nieznany wirus niszczy ludzkość. Tylko 1% populacji uchodzi z życiem. Ludzie żyją pod ziemią. Więzień James Cole zostaje wysłany w przeszłość do roku 1996, aby zebrać informacje na temat pochodzenia wirusa. Jednak w wyniku pomyłki trafia do roku 1990, gdzie natychmiast aresztuje go policja.

Zagubiony w czasie przybysz z roku 2035 musi rozwiązać zagadkę, która może ocalić jego towarzyszy lub przyprawić go o szaleństwo. W niedalekiej przyszłości populację ludzką dziesiątkuje zabójczy wirus. Ci, którym udało się przetrwać, kryją się w podziemnych bunkrach. Cole (Bruce Willis) "zgłasza się na ochotnika", by odbyć podróż w czasie i zdobyć próbkę wirusa, która pozwoli naukowcom opracować szczepionkę. Na swej drodze spotyka piękną lekarkę-psychiatrę (Madeleine Stowe) i niebezpiecznego szaleńca (Brad Pitt). Z ich pomocą stara się wpaść na trop Armii 12 małp, radykalnej organizacji, którą podejrzewa o wywołanie epidemii. Mistrzowska reżyseria Terry'ego Gilliama ("Fisher King"), znakomite kreacje aktorskie i rewelacyjne efekty specjalnie sprawiły, że "12 małp" uznano za arcydzieło sztuki filmowej.

Rok 2035, Ziemia jest wyludniona. Wyginęło 99% ludzkiej populacji. Ci, którzy przeżyli, schronili się w specjalnych podziemnych konstrukcjach. A wszystko to za sprawą szaleńca, który w 1996 r. wprowadził śmiertelnego wirusa. Jedyną szansą na przezwyciężenie zarazy jest zdobycie pierwotnej, nie zmutowanej wersji wirusa, dzięki której będzie możliwe przygotowanie serum. A tego dokonać można tylko w jeden sposób, wysyłając w przeszłość posłańca, który zdobędzie próbkę. Jest to misja niezwykle niebezpieczna, dlatego są do niej wybierani "ochotnicy" z więzień przyszłości. Jednym z nich jest Cole (Bruce Willis). Zostaje on przez przypadek wysłany do roku 1990. Trafia do szpitala psychiatrycznego, gdzie poznaje dwie osoby, które odegrają w jego życiu ogromną rolę: doktor (Madeleine Stowe) i szalonego (Brad Pitt). Sześć lat później, bezpośrednio przed zakażeniem wirusem, Cole znów wraca "do przeszłości", by dotrzeć do radykalnej organizacji "12 małp".

"12 małp" to nazwa grupy terrorystycznej podejrzanej o rozpowszechnienie straszliwego wirusa, który w 1996 roku pochłonął 99 procent ziemskiej populacji. Właściwa akcja filmu zaczyna się jednak 40 lat później. Żyjąca pod ziemią, zorganizowana na totalitarną modłę ludzka społeczność wysyła w przeszłość swojego "ochotniczego" przedstawiciela, którego zadaniem jest odwrócić dramatyczne losy planety. Przymusowy delegat ląduje na Ziemi o kilka lat za wcześnie. Przywiezione rewelacje prowadzą go prostą drogą do kliniki psychiatrycznej, gdzie lekarską pieczę sprawuje nad nim wrażliwa pani doktor (Stowe), a wśród pacjentów znajduje się obłąkany syn genialnego wirusologa (Pitt)...

W roku 2035 zwierzęta znów rządzą światem. Stało się tak, gdyż wirus nieznanego pochodzenia zabija większość ludzi na ziemi i przeżył tylko 1% populacji. Wierzy się, że wirusa rozprzestrzeniła w 1996 roku organizacja znana jako "Dwanaście małp". Ludzie są zmuszeni do zejścia pod powierzchnię ziemi. Naukowcy postanawiają wysłać w przeszłość więźnia, Jamesa Cole'a (Bruce Willis), aby zbadał pochodzenie tajemniczej epidemii w celu opracowania antidotum. Bohater przez pomyłkę trafia do 1990 roku, a nie 1996. Wówczas nikt jeszcze nie słyszał o "Dwunastu Małpach". Cole zostaje uznany za wariata i zamknięty w zakładzie dla obłąkanych, gdzie poznaje dr Kathryn Reilly (Madeleine Stowe). Później kilkakrotnie przenosi się w czasie i trafia w końcu do 1996 roku. Porywa dr Reilly, która pomaga mu w rozwiązaniu zagadki "Dwunastu Małp".

Jest rok 2035. Nieliczni ocaleli ludzie żyją pod ziemią, gdzie schronili się przed zabójczym wirusem, od lat nękającym ludzkość.
Ocaleli z epidemii naukowcy dysponują archiwalnymi nagraniami telefonicznymi, które sugerują, że wirus pochodzi właśnie z Filadelfii, w podziemiach której się ukrywają, a za wybuch tajemniczej epidemii odpowiedzialność ponosi przestępcza organizacja o nazwie "Dwanaście małp". Więzień James Cole zostaje "na ochotnika" wysłany wehikułem czasu w przeszłość, ale w wyniku pomyłki, zamiast do Filadelfii, trafia do Baltimore roku 1990.
Jego zachowanie i słowa wydają się na tyle dziwaczne, że Cole zostaje zamknięty w szpitalu psychiatrycznym, gdzie dostaje się pod opiekę dr Kathryn Railly - eksperta w dziedzinie różnorodnych psychoz.
W szpitalu Cole'a intryguje jeden z jej pacjentów, Jeffrey Goines, szalony syn znanego wirusologa, Lelanda. Pomiędzy atakami szału Jeffrey zapowiada nadchodzącą katastrofę i przestrzega przed zgubnymi skutkami eksperymentów medycznych, prowadzonych przez jego ojca.
Cole przekonany, że jest na właściwym tropie, musi, za wszelką cenę, wydostać się ze szpitala...

Zabójczy wirus niemal doprowadza do zagłady ludzkości, a nieliczni ocaleni żyją pod ziemią. Cole (Willis) zostaje "na ochotnika" wysłany w przeszłość, aby zdobyć próbkę wirusa umożliwiającą opracowanie antidotum. Podczas podróży spotyka piękną doktor psychiatrii (Stowe) i niebezpiecznego szaleńca (Pitt). Ale jego głównym zadaniem jest odnalezienie Armii 12 Małp - radykalnej organizacji podejrzewanej o rozprzestrzenienie wirusa. Wspaniałe kreacje aktorskie i niesamowite efekty specjalne połączone z wyjątkowym dowcipem Gilliama sprawiają, że "12 małp" to klasyk swojego gatunku.

Rok 2035. Niebezpieczna choroba doprowadziła niemal do zagłady ludzkości. Nieliczni, którzy uniknęli śmierci, schronili się przed nią pod ziemią. Naukowcy uważają, że zabójczy wirus wymknął się spod kontroli w 1996 roku. Teraz zmuszają więźnia, Cole'a (Bruce Willis), aby odbył podróż w czasie do tego roku i zapobiegł katastrofie. On trafia jednak do roku 1990, do szpitala psychiatrycznego prowadzonego przez dr Railly (Madeleine Stowe). Poznaje tam Jeffreya (Brad Pitt), syna znanego wirusologa.