Film opowiada o parze kobiet, które postanawiają mieć dziecko. Okazuje się, że nawet w kraju takim jak Niemcy, w którym osoby LGBT mają wiele praw, nadal nie jest to takie proste.
Katja i Isa to dojrzałe kobiety żyjące w związku małżeńskim, które pewnego dnia stwierdzają, iż są gotowe na dziecko. Sztuczne zapłodnienie to powszechna praktyka w Niemczech, jednak bohaterki, jak wiele innych homoseksualnych par w tym kraju, wciąż napotykają wiele przeszkód zarówno prawnych jak i finansowych.
Trudności Isy z zajściem w ciążę skłaniają ją do zainteresowania się alternatywnymi metodami zapłodnienia. W ten sposób dociera do prywatnych ogłoszeń dawców spermy, którzy kierując się rzekomo altruistycznymi pobudkami, często stawiają kobietom warunki, które z kolei dla Katji są nie do zaakceptowania.
Bohaterki dochodzą do punktu, w którym ich wspólna decyzja o dziecku staje pod znakiem zapytania. Coraz silniej ujawniają się dzielące je różnice, a ich związek zamienia się w ciąg kłótni i nieporozumień.
"Dwie matki" to historia oparta na prawdziwych wydarzeniach, opowiedziana odważnie, ale i z dużą dozą subtelności.