"Labirynt fauna" zdejmuje zasłonę z faszystowskiego reżimu w Hiszpanii w czasie II wojny światowej. Film skupia się na małej dziewczynce, Ofelii - jest to samotne dziecko o ogromnej wyobraźni. Ofelia mieszka z matką i przyszywanym ojcem, oficerem wojskowym, którego zadaniem jest tłumienie sporadycznych buntów. W swojej samotności Ofelia buduje własny świat pełen fantastycznych stworów i tajemniczych miejsc. W czasie powojennych represji w ich największym rozkwicie Ofelia musi przestać marzyć i zapomnieć o stworzonym przez siebie świecie. 

Mała Ofelia przybywa do domu nowego męża jej matki, kapitana Vidala. Dziewczynce trudno znieść surowość ojczyma. Przez przypadek Ofelia odkrywa w ogrodzie tajemniczy labirynt. Tam spotka Fauna, baśniowego stwora, który rozpozna w niej księżniczkę magicznej krainy, której grozi zagłada. Przed dziewczynką stoją jednak 3 mordercze zadania, które sprawdzą jej nieśmiertelność. Z czasem okrucieństwo zapanuje nad całym rzeczywistym światem.

Autorzy filmu przenoszą widza do roku 1944, kiedy to ma miejsce pasjonująca podróż Ofelii - jedenastoletniej dziewczynki, która wraz ze swą matką Carmen, spodziewającą się drugiego dziecka, przenosi się do maleńkiej mieściny. Wśród jej mieszkańców wyróżnia się Vida - okrutny kapitan wojsk frankistowskich. Zostaje on nowym mężem Carmen, ale Ofelia wcale nie darzy go sympatią. Pewnej nocy dziewczynka odkrywa ruiny labiryntu, gdzie spotyka fauna - dziwną postać, która objawia jej magiczną tajemnicę jej pochodzenia.

Dawno, dawno temu w podziemnym królestwie, gdzie nieznane są takie słowa jak: ból czy kłamstwo, żyła księżniczka, której marzeniem było żyć w świecie ludzi. Pewnego dnia wymknęła się z księżycowego królestwa. Zaraz po wyjściu na powierzchnię słońce oślepiło ją i wymazało jej całą pamięć. Zapomniała o swoim pochodzeniu i o tym kim była. Zapadała na ludzkie choroby i w końcu umarła. Jednak jej ojciec- król zawsze wiedział, że dusza księżniczki powróci i będzie czekał na nią do końca świata.
Hiszpania, 1944 rok, trwająca wojna domowa powoli dobiega końca. Młoda Ofelia (Ivana Baquero), wraz z matką, przeprowadza się na wieś, gdzie stacjonuje jej zaborczy ojczym, który jest oficerem wojskowym. Po przyjeździe dziewczynka odkrywa dziwny labirynt położony niedaleko w lesie, zaś gdy się udaje do niego w nocy spotyka w nim fauna, który bierze ją za swoją księżniczkę.

Akcja filmu przenosi nas do Hiszpanii z 1944 roku. 13-letnia Ofelia (Ivana Baquero), razem z ciężarną matką - Carmen (Ariadna Gil), przyjeżdża do położonego w lesie obozu wojskowego, by zamieszkać u boku ojczyma - kapitana frankistowskiej armii - Vidala (Sergi López). Szybko staje się jasne, że dla młodej dziewczyny miejsce to będzie piekłem na ziemi. Już od pierwszego spotkania, kapitan okazuje jej jawną niechęć. Carmen zaś potrzebna jest mu jedynie po to, aby urodzić upragnionego potomka. Pozostawiona samej sobie, Ofelia włóczy się po okolicy, co nie jest w tym trudnym okresie historycznym zajęciem bezpiecznym. W pobliskim lesie czają się bowiem partyzanci, na których poluje żądny krwi oficer. Trzynastolatka nie rozumie za bardzo, o co tak naprawdę walczą obydwie strony konfliktu. Doskonale natomiast dostrzega okrucieństwo i bezwzględność - cechy, jakie na każdym kroku towarzyszą jej ojczymowi.

Podczas samotnych wędrówek, zafascynowana światem fantazji, główna bohaterka natrafia w lesie na bardzo dziwną budowlę. Jest nią tajemniczy labirynt. Legenda głosi, że pełni on rolę domu, zamieszkałego przez pewną baśniową istotę - tytułowego Fauna. Już wkrótce Ofelia przekona się, że miejsce to na zawsze odmieni jej życie... gdy wykreowany przez nią świat zacznie przeplatać się z rzeczywistością.

Hiszpania, 1944 rok. Po zwycięstwie generała Franco w wojnie domowej nastają ponure czasy faszystowskiej dyktatury. 12-letnia Ofelia wraz z matką i ojczymem przenosi się na północ Hiszpanii. Ich nowy dom położony jest w pobliżu starego zrujnowanego labiryntu, który szybko staje się ulubionym miejscem zabaw dziewczynki. Ofelia nie mogąc poradzić sobie z samotnością i brutalnością otaczającej ją rzeczywistości, wymyśla swój własny wyimaginowany świat. Jest on pełen fantastycznych stworów i tajemniczych miejsc, do których ucieka przy każdej możliwej okazji. Ową krainą włada Faun...

Choć w filmie pojawiają się baśniowe i mityczne postaci, zdecydowanie nie jest to dzieło adresowane do młodych widzów.

Hiszpania, rok 1944, początki rządów generała Franco. Młodziutka Ofelia wraz z ciężarną matką przybywa do miejsca, gdzie wraz z podlegającymi żołnierzami stacjonuje ojczym dziewczynki, kapitan Vidal. Okazuje się on człowiekiem okrutnym i bez litości zwalczającym ukrywających się w lasach partyzantów. Z wyższością traktuje również kobiety, nie chce słyszeć o tym, że może urodzić mu się córka. Tam Ofelia poznaje również potajemnie wspomagającą partyzantów Mercedes, która niejako zastępuje jej coraz gorzej czującą się matkę i staje się jej opiekunką. Ofelia widzi toczącą się wokół niej wojnę, nie rozumie jej jednak i nic nie może zrobić. Ucieka więc do wymyślonego świata, w którym jest odnalezioną po latach księżniczką podziemnego królestwa. Aby powrócić do króla i królowej musi wypełnić trzy zadania.

Hiszpania pod koniec wojny domowej. Dziewczynka trafia wraz z matką do starego młyna, w którym swój sztab ma jej ojczym, kapitan wojsk gen. Franco. Matka jest w zaawansowanej ciąży, a podróż do górskiej osady odbyła wbrew zaleceniom lekarza, ponieważ ojciec uznał, że syn powinien urodzić się przy nim. Skutkiem podróży matka zapada na zdrowiu, a dziewczynka nie potrafiąc poradzić sobie w świecie przemocy zaczyna uciekać w świat fantazji widząc najpierw wróżki, a następnie wyobrażając sobie Fauna. Świat wokół dziewczynki staje się coraz groźniejszy mimo ochrony jaką próbuje jej zapewnić zarządzająca młynem Mercedes. Dziewczynka szuka oparcia w fantazjach, które coraz bardziej wypełnia jej życie.

Jest rok 1944. Mimo zakończonej wojny domowej, hiszpańscy partyzanci ciągle walczą w górach. Faszystowski i bezwzględny generał Franco (Doug Jones) prowadzi jeden z punktów mających na celu wymordowania wszystkich buntowników. Właśnie do niego przyjeżdża żona w ciąży (Ariadna Gil) i dwunastoletnia pasierbica Ofelia (Ivana Baquero). Najmłodsza niezbyt lubi swego ojczyma i stara się o nim zapomnieć uciekając do świata baśni. Pomaga jej w tym niecodzienna i wyśniona okolica, a dokładniej magiczny, opuszczony ogród znajdujący za wiejską posiadłością ojczyma. jakby tego było mało, w jego wnętrzu znajduje się niesamowity labirynt. staje się on ulubionym miejscem małej Ofelii, w którym ratuje się przed okrucieństwem i sadyzmem wojny. Niespodziewanie spotyka w nim Fauna, strażnika magicznego królestwa. szybko również wychodzi na jaw, że dziewczynka jest zaginionym wcieleniem księżniczki, córki władców owej krainy. Jednak, aby się tam dostać musi udowodnić, że jest godna tronu w trzech śmiertelnie trudnych próbach. W międzyczasie jej matka poważnie choruje, ale Ofelia nie może zaprzestać podjętego obowiązku, gdyż ma czas do nadejścia pełni. Nie wie, że najgorsze dopiero przed nią...