Film stanowi rekonstrukcję słowiańskiego mitu stworzenia. Po Wielkim Wybuchu bogowie postanowili stworzyć na ziemi życie. Powracające motywy mają podkreślić ciągłość ewolucji, powtarzalność twórczą w różnej skali. Stajemy się częścią tej podróży przez krainę wielokulturowych symboli. Główny bohater jest dzieckiem, ale pojawia się dopiero pod sam koniec filmu. Mistyczna podróż, której doświadcza, jest swoistą retrospektywą sięgającą do jego najgłębszych wspomnień, przechowywanych na poziomie atomów.

Macierz to psychodeliczna podróż przez mit stworzenia. Jej początek obserwujemy w chwili kosmicznej eksplozji. Powtarzalność motywów sugeruje nieustanną ewolucję, która w różnej skali powiela swe twory.