Mieszkańcom Nowego Jorku grozi epidemia, nosicielami zarazków są karaluchy. Para naukowców przeprowadza przyspieszone eksperymenty biologiczne, w wyniku których powstaje nowa odmiana owadów, morderczych dla nosicieli choroby. Ale ich dalsza ewolucja prowadzi do nieprzewidzianych rezultatów.

Kiedy Nowy Jork opanowała epidemia, której zarazki przenosiły karaluchy, w laboratorium genetycznym doktor Susan Tyler (Mira Sorvino) wraz z mężem Peterem Mannem (Jeremy Northam) stworzyła nowy gatunek insekta, który wydał wojnę śmiercionośnym karakanom. Mutanty zaprojektowano tak, by po wykonaniu swojego zadania szybko wymarły.
Trzy lata później okazuje się, że nowy gatunek nie zginął. Mutanty rozwijają się, błyskawicznie ewoluując i stając się zagrożeniem dla miasta i całej cywilizacji. Susan na czele ekipy śmiałków schodzi do tuneli nowojorskiego metra. Tam czeka ją krwawa rozprawa z mutantami, które zdążyły już przybrać niemal ludzką postać.

Nie igra się z naturą. Doktor Susan Tyler (Mira Sorvino) wraz z mężem Peterem Mannem (Jeremy Northam), zastępcą dyrektora Centrum Kontroli Epidemii, muszą zwalczyć epidemię zagrażającą życiu setek tysięcy dzieci. W tym celu łączą DNA różnych gatunków, chcąc stworzyć biologiczne przeciwciała, mające pokonać czynniki wywołujące chorobę. Nowa stworzona przy tym rasa nosi nazwę Judas i zostaje wprowadzona do biosystemu Nowego Jorku. Trzy lata później uzdrawiający czynnik zaczyna żyć własnym życiem i prześladować ludzi. Na uwagę zasługują efekty specjalne i niesamowity wygląd unikalnych mutantów, które grasują po podziemnym świecie Manhattanu.