Zainspirowany biblijną historią o sile ducha, poświęceniu i nadziei Darren Aronofsky przekłada na język filmu osobistą wizję opowieści o Noem. Russell Crowe wciela się w niej w postać człowieka, który został wybrany do podjęcia wielkiej misji uratowania rodzaju ludzkiego oraz zwierząt przed apokaliptycznym potopem, który ma zniszczyć zepsuty świat. Film podejmuje towarzyszące człowiekowi od zarania dziejów tematy dobra i zła, zniszczenia i miłosierdzia, nadziei oraz rodziny.

Darren Aronofsky tworzy własną wizję biblijnej historii o Arce Noego. Świat to miejsce pozbawione nadziei, gdzie nie pada deszcz i nie wschodzi zboże. Rządzą nim samozwańczy przywódcy wraz ze swoimi barbarzyńskimi hordami. Jedyny dobry człowiek w tej okrutnej rzeczywistości to Noe (Russell Crowe). Doświadczony wojownik, mag oraz uzdrowiciel, pragnie tylko pokoju dla swoich dzieci i żony Naameh (Jennifer Connelly). Każdej nocy jednak nawiedza go sen o niekończącej się powodzi - destrukcji wszelkiego istnienia. Stopniowo zdaje sobie sprawę, że to wiadomość wysyłana mu przez samego Stwórcę, który postanowił oczyścić świat ze zła. Noe otrzymuje ostatnią szansę ocalenia życia na Ziemi...

Wskutek niegodziwości człowieka świat zaczął obumierać. Zamieszkujący wielkie miasta potomkowie Kaina pogrążają się w grzechu. Jedynie ród Seta stara się wykonywać wolę Stwórcy. Pewnej nocy Noe (Russell Crowe), uzdrowiciel i były wojownik, widzi we śnie gigantyczną powódź. Wraz ze swoją żoną Naameh (Jennifer Connelly) i trzema synami udaje się po radę do swojego dziadka, Matuzalema (Anthony Hopkins). Tam przekonuje się, że jego sen to zapowiedź potopu, mającego zniszczyć całą ludzkość. Pewien, że Stwórca wyznaczył mu zadanie ocalenia niewinnych, Noe postanawia zbudować arkę i umieścić w niej zwierzęta. Pomagają mu w tym kamienne olbrzymy zwane Strażnikami. Po latach, gdy budowla jest prawie ukończona, a znaki wieszczące zagładę stają się coraz wyraźniejsze, pojawia się Tubal-Kain (Ray Winstone). Samozwańczy król i potomek pierwszego mordercy żąda miejsca w arce dla siebie i swoich poddanych.