Steve Zissou jest światowej sławy oceanografem, słynnym ze swych filmów dokumentalnych opisujących podwodną faunę i florę. Jego najbliższy przyjaciel i współpracownik został pożarty przez rekina podczas ostatniej wyprawy. Plotki głoszą, że stało się tak nie bez winy samego Zissou. W dodatku pojawia się Ned Plimpton, który upiera się, że jest jego synem. Zissou zaczyna organizować swą najbardziej kosztowną ekspedycję, której celem jest odnalezienie i zemsta na legendarnym rekinie.

Od Steve'a Zissou, światowej sławy badacza morskiej fauny i flory, odwróciło się szczęście. Jego najbliższy przyjaciel został pożarty przez ogromnego rekina. Ludzie mówią, że za śmierć odpowiedzialny jest (po części) sam Zissou. Zissou postanawia zemścić się i w tym celu organizuje kosztowną podwodną ekspedycję mającą na celu odnalezienie i zgładzenie rekina.

Steve Zissou (Bill Murray) - światowej sławy oceanograf - wyrusza z najbardziej kosztowną w swej karierze ekspedycją, której celem ma być odnalezienie tajemniczego, krwiożerczego rekina, który pożarł podczas ostatniej wyprawy jego najbliższego współpracownika i przyjaciela. Do jego ekipy przyłączają się: młody pilot, który upiera się, że jest synem Zissou (Owen Wilson), piękna dziennikarka mająca opisać postać Zissou i losy jego wyprawy (Cate Blanchett), a także żona Zissou - Eleonor (Anjelica Huston), będąca jednocześnie wiceprzewodniczącą The Zissou Society. Badacze muszą stawić czoła przytłaczającym komplikacjom takim jak, między innymi, piraci, porwania czy choćby bankructwo.

"Podwodne życie ze Stevem Zissou" jest to film opowiadający o światowej sławie oceanografie Stevenie Zissou (Bill Murray) i jego załodze. Zissou wraz ze swoją załogą wypływa na wody oceanu w celu nakręcenia filmu dokumentalnego. W czasie tej wyprawy "rekin lampartowaty" pożera najlepszego przyjaciela Zissou. Po powrocie na ląd Murray organizuje kosztowną ekspedycję mającą na celu odnalezienie i zabicie rekina.

Steve Zissou ma poczucie, że dokonał już najważniejszych rzeczy, które miał w planie. Jest światowej sławy oceanografem, słynnym ze swych filmów dokumentalnych, opisujących podwodną faunę i florę. Jednocześnie ma jednak wrażenie, że jego życie i los wymykają mu się z rąk, a szczęście się od niego odwróciło.
Jego najbliższy przyjaciel i współpracownik został bowiem pożarty przez rekina podczas ostatniej wyprawy. Plotki głoszą,że stało się tak nie bez winy samego Zissou. Chcąc odzyskać szacunek dla samego siebie, postanawia więc zorganizować ekspedycję, której celem jest odnalezienie rekina i zemsta na krwiożerczej bestii. Zissou ma niezwykłą zdolność przyciągania do siebie ludzi, których zaraża wiarą w swoje przedsięwzięcie. Na pokładzie "Belafonte" znajduje się więc niezwykła załoga dziwaków, których wzajemne relacje komplikują wyprawę. W dodatku pojawienie się Neda Plimptona, pilota z Kentucky, który upiera się, że jest synem Zissou, nada im nową jakość. Zissou staje przed problemem zaakceptowania siebie w roli ojca, a w dodatku odkrywa że wraz z Nedem rywalizują o względy Jane Winslett-Richardson, dzienikarki mającej opisać losy wyprawy. Zissou stanie też na drodze jego odwieczny rywal, Alistair Hennessey, oceanograf opanowany pragnieniem odniesienia sukcesu, przez cał czas czyhając na jego najmniejszy błąd.

Główny bohater Steve Zissou (Bill Murray) to pomieszanie poważnego badacza i nieodpowiedzialnego czarodzieja-naciągacza i bankruta. Pieniądze pożycza od byłej żony, sprzęt badawczy kradnie rywalowi, zabiera ze sobą na wyprawę dorosłego syna, który dopiero przed chwilą dowiedział się że ma ojca, ratuje go z rąk piratów, próbuje odbić mu narzeczoną w ciąży, spotyka pod wodą (nota bene - nieistniejącego) rekina tygrysiego i ubiera siebie i ekipę w czerwone czapeczki (jak u Smerfów) i dresopodobne uniformy z pistoletem na udzie w skórzanej kaburze... Śmierć tutaj jest jak barwna przygoda, aż trudno uwierzyć że stała się naprawdę...