Ameryka Południowa. Rejony Amazonki. Podczas wykopalisk doktor Maia odnajduje fragment zagadkowego szkieletu z dewonu. Grupa naukowców zainteresowana skamieliną wyrusza w ekspedycję w poszukiwaniu kolejnych odkryć. Decydują się wpłynąć do Czarnej Laguny, z której jeszcze nikt nie wrócił żywy.

Naukowa ekspedycja badająca nietknięte ludzką stopą rejony południowoamerykańskiej dżungli natrafia na ślady dziwnej, człekokształtnej, wodnej istoty. Po dotarciu do legendarnego miejsca zwanego Czarną Laguną, odkrywcy będą musieli stawić czoła tajemniczemu stworzeniu we własnej osobie. Zagadkowy stwór zabija kilku członków ekspedycji, ale w końcu zostaje schwytany. Okazuje się, że potwór to obdarzony wielką siłą pół-człowiek, pół-ryba - starożytny, przedpotopowy relikt ślepej uliczki w historii ewolucji. Zanim jednak naukowcy zdążą dokończyć wstępne badania, stworzeniu udaje się uciec. Na domiar złego potwór porywa ze sobą Kay (Julie Adams), ponętną asystentkę kierownika ekspedycji, dr. Reeda (Richard Carlson). Wszystko wskazuje na to, że człowiek-ryba na swój sposób zakochał się w dziewczynie. Dr Reed i jego ludzie ruszają na poszukiwanie zbiegłego monstrum, by odbić z jego rąk piękną zakładniczkę.

Gdzieś w amazońskiej dżungli ceniony geolog odnajduje ślady nieznanego dotąd nauce gatunku. Gdy przedstawia środowisku naukowemu swoje odkrycie niemalże od ręki zostaje powołana ekspedycja, która wyrusza do Ameryki Południowej kontynuować badania doktora. To co odnajdują na miejscu przekracza ich najśmielsze oczekiwania. Okazuje się bowiem, że stwór, którego gatunek wytropił dr Maia, żyje, ma się dobrze i zdecydowanie nie jest zadowolony z obecności intruzów.