Rok 1561. Po śmierci matki 18-letnia królowa Maria Stuart (Clémence Poésy) wraca z wygnania z Francji do Szkocji, by odzyskać swoje dziedzictwo. Kraj jest jednak rozdarty konfliktem religijnym. Na czele protestantów stoi przyrodni brat Marii, lord James Stuart. Obiecuje on pomóc siostrze w zaprowadzeniu porządku w kraju. Królowej, żarliwej katoliczce, udaje się pozyskać sojuszników wśród współwyznawców, członków rodu Huntly. Stopniowo Maria zdobywa uznanie w oczach podwładnych. Królowa Anglii Elżbieta (Catherine McCormack) musi szukać nowego sposobu, żeby pokonać kuzynkę.