Tytułowa Sekcja Alfa jest jedną z części CIA. Jej agenci postanawiają zlikwidować popularnego dziennikarza telewizyjnego, który ich zdaniem nadmiernie interesuje się okolicznościami zamachu na wysokiego oficera marynarki. Zabójstwa dokonać ma młoda, ale wykwalifikowana agentka, która jednak odmawia wykonania zadania.

Sekcja Alfa, jedna z komórek CIA, postanawia zlikwidować popularnego dziennikarza telewizyjnego, Jordana MacNamarę, który bada okoliczności zamachu na wysokiego oficera Thomasa Adlena. Zabójstwa ma dokonać młoda, ale wykwalifikowana snajperka, Jenna, która wcześniej zabiła Adlena. Teraz, widząc MacNamarę na plaży z 6-letnią córeczką, w ostatniej chwili odmawia wykonania rozkazu. Dla kierującego akcją agenta Daltona oznacza to, że teraz jego ludzie muszą zamordować nie tylko dziennikarza, ale i niesubordynowaną podwładną. Jest tego świadoma również Jenna, która uciekając zabija czterech niedawnych kolegów. Dociera do mieszkania przyjaciela, Marcusa, geniusza komputerowego i zdolnego wynalazcy, który już wielokrotnie dostarczał jej akcesoriów przydatnych w trudnym fachu. Teraz wręcza dziewczynie kilka rodzajów najnowocześniejszej broni. Wiedząc, że Dalton i jego ludzie będą usiłowali dorwać MacNamarę w domu, Jenna rusza tam w nadziei, że dotrze przed nimi.

Jenna (Kristy Swanson), zabójczyni pracująca na zlecenie tajnej agencji rządowej, postanawia darować życie swojej ostatniej ofierze. Tym sposobem agentka podpisuje wyrok śmierci na samą siebie. Ma zginąć z rąk Daltona (Michael Madsen), operatora Sekcji Alfa. W międzyczasie Jenna trafia na ślad spisku prowadzone przez agencję. Sekcja Alfa dokonuje szeregu aktów terrorystycznych na członkach rządu, przez których została powołana. Jenna podejmuje wyzwanie i postanawia zdemaskować spiskowców.