1200 lat temu 12-letni chłopiec imieniem Brendan poznał Brata Aidana, strażnika niezwykłej, choć niedokończonej, iluminowanej księgi. Aidan powierza Brendanowi ważne zadanie – ukończyć Księgę z Kells. Misja ta będzie pełna przygód i niebezpieczeństw, a Brendan stawi czoła swym najgłębszym lękom. Księga z Kells jest jednym z najpiękniejszych manuskryptów średniowiecznych, iluminowanych przez celtyckich mnichów. Film opowiada o jej powstaniu. Ukazuje przygody bohaterów w sposób pełen piękna, a jednocześnie zachowujący wierność kulturowym korzeniom, które odkrywają się przed widownią w sposób równie magiczny, jak księga Aidana. Animacja oparta na motywie koła stanowi antidotum dla monotonii dzisiejszych filmów rysunkowych.

Kells to opactwo położone w hrabstwie Meath w Irlandii. Z niego pochodzi główny bohater filmu, wesoły i uczynny dwunastolatek Brendan. Pomaga on m.in. opatowi w budowie muru, który ma ochronić wioskę przed Wikingami. Brendan nie zna świata poza murem, aż do momentu, gdy do Kells przybywa Brat Aidan z Iony. Rozpoznaje on w poczciwym dwunastolatku talent i angażuje go do pomocy w pracy nad niezwykłą księgą przygotowywaną przez celtyckich mnichów.
Pierwszym zadaniem Brendana jest zdobycie specjalnych jagód pozwalających na uzyskanie zielonego atramentu. Brendan wychodzi więc poza mur, gdzie spotyka młodziutką, białowłosą Aisling. Pomiędzy dwojgiem dzieci nawiązuje się przyjaźń, ale w lesie mieszka nie tylko urocza dziewczynka. W jego głębiach czai się potwór, po drogach biegają wilki, a na obrzeżach czyhają już groźni Wikingowie. W obliczu tylu niebezpieczeństw Brendan będzie musiał wykazać się niezwykłą odwagą, aby ukończyć wspaniałą księgę, która swym blaskiem podobno może oślepić złych ludzi i rozjaśnić najciemniejszy nawet mrok...