Michel i jego młodszy brat Charly dorastają w Belgii w latach 60-tych. Obaj wiedzą, że ich tata skrywa tajemnicę, o której nie chce nikomu powiedzieć. To milczenie rzuca cień na szczęśliwe życie rodzeństwa. Chłopcy wiedzą tylko, że ich ojciec przyjechał do Belgii, kiedy miał 20 lat i tu założył rodzinę. Michel i Charly czują jednak, że muszą poznać problemy, z którymi ich tata zmagał się w dzieciństwie, aby móc wyrosnąć na silnych i niezależnych ludzi. Nadszedł czas, aby uwolnić się od przeszłości.

"Sekrety mojego taty" to nie rozrachunek z historią. To film, który odtwarza decydujące momenty dzieciństwa spędzonego w cieniu Holokaustu oraz podróży z Belgii do Ziemi Obiecanej – wypełnione zarówno tragizmem, jak i radosnymi chwilami. To autobiograficzna opowieść słynnego izraelskiego pisarza i rysownika, Michela Kichki, który jest synem mężczyzny, który jako jedyny ocalał ze swojej rodziny. To także animacja o transformacyjnej mocy, jaką sztuka odgrywała w relacjach artysty z ojcem.

Belgia, lata 60. Dwaj bracia, starszy Michel i młodszy Charly, chcą dowiedzieć się czegoś więcej na temat historii swojego ojca. Wiedzą, że przybył do Belgii, mając dwadzieścia lat. Co jednak działo się wcześniej? Jak wyglądało jego dzieciństwo? Sekrety ojca zatruwają rodzinne szczęście.