Historii zielonego ogra ciąg dalszy. Ojciec Fiony zaakceptował ostatecznie swojego zięcia, zdecydował nawet, że Shrek i Fiona mają pełnić obowiązki panującej pary królewskiej. Oboje nie czują jednak się w tej roli najlepiej, a Shrek z miłą chęcią wróciłby na swoje bagno. Król postanawia więc, że jeśli odnajdą następcę tronu, który obejmie rządy i godnie ich zastąpi, będą mogli opuścić królestwo i żyć własnym życiem. Odpowiednim kandydatem na króla jest siostrzeniec królowej Lilian, książę Artie. Shrek wyrusza, razem ze swoimi wiernymi druhami: Osiołkiem i Kotem w butach, w daleką podróż, aby odnaleźć i przekonać zbuntowanego Artiego, że powinien zasiąść na tronie. Tymczasem, podczas nieobecności Shreka w królestwie, Książę z bajki przeprowadza zamach stanu. Fiona organizuje ruch oporu, który ma przeciwstawić się uzurpatorowi do czasu, aż Shrek, Osiołek, Kot w butach i przyszły król Artur powrócą z podróży.

W trzeciej części nasz bohater ma przejąć koronę po królu Haroldzie. Shrek jednak nie chce brać na siebie tak wielkiej odpowiedzialności i odmawia. Tym samym Shrek, Osioł i Kot w butach muszą wyruszyć na poszukiwanie innego kandydata godnego tego zaszczytu, jednym z pretendentów do tronu jest siostrzeniec królowej Lilian - młody i zbuntowany Król Artur. W tym czasie Fiona, córka króla Zasiedmiogórogrodu, a żona Shreka organizuje ruch oporu , który ma powstrzymać Księcia z bajki, który przeprowadza zamach stanu.

Shrek poślubiając Fionę nie myślał o władaniu królestwem Zasiedmiogórogrodu. Kiedy jednak jego teść, król Harold, zaczął chorować, to właśnie ogr został kandydatem do korony. Jeżeli kandydat na króla nie znajdzie kogoś kto będzie rządził zamiast niego, będzie musiał zostać królem. W tej sytuacji, Shrek postanawia odszukać jedynego dziedzica królewskiego tronu, zaginionego kuzyna Fiony, zbuntowanego Artiego. Gdy ogr wyrusza w drogę, panowanie nad królestwem próbuje przejąć Książę z Bajki. Shrek i Artie, z pomocą Osła, Kota w butach, a także Fiony i jej koleżanek księżniczek, muszą uratować królestwo, aby wszyscy mogli "żyć długo i szczęśliwie".

Teść Shreka, król Harold zaczyna chorować. Shrek nagle dowiaduje się, że jest brany pod uwagę jako dziedzic ziem królestwa. Zamiast skakać z radości w błotku ze szczęścia, ogr wydaje się zmartwiony - nie ma ochoty opuszczać ukochanego bagna. Prosi więc swoich kumpli - Osła i Kota w Butach - by jakoś zapobiegli temu, zdaje się nieuchronnemu wydarzeniu. Postanawiają więc osadzić na tronie buntowniczego Artiego. Shrekowi pomysł się podoba. Artiemu też. Pozostaje jednak jeszcze jeden Książę, który chciałby posadzić na tronie swoje cztery litery. Jednak nie był brany pod uwagę jako kandydat na króla i teraz planuje zamach. Tak, tak, mowa o Porzuconym Księciu z Bajki!

Oto trzecia najwspanialsza bajka, której nigdy nie opowiedziano! Shrek powraca w iście królewskim rozmiarze! OGRomna przygoda trwa! Kiedy królestwo Zasiedmiogórogrodu zostaje bez króla, a zło powraca, Shrek i jego wierna kompania - Osioł i Kot w butach - wyruszają, by odnaleźć prawowitego władcę tej anty-baśniowej krainy.

Teść Shreka, Król Harold niespodziewanie umiera. Wobec tego Shrek jest wzięty pod uwagę jako dziedzic królestwa Zasiedmiogórogrodu. Ale bycie królem to nie jest zajęcie dla każdego, a zwłaszcza dla ogra, który nie ma zamiaru opuszczać ukochanego bagna. Shrek z przyjaciółmi, Osłem i Kotem w Butach rozpoczynają poszukiwania innego kandydata na tron. Okazuje się, że oprócz Shreka prawo do rządzenia królestwem ma Artur, daleki krewny królewskiej rodziny. Tymczasem, pod nieobecność władcy Zasiedmiogórogród opanowuje Książę z Bajki. Mając u boku swoich przyjaciół Shrek i Artur muszą uratować królestwo, aby wszyscy mogli w końcu "żyć długo i szczęśliwie".

Shrek i jego małżonka Fiona przebywają na zamku w Zasiedmiogórogrodzie. Nieoczekiwanie króla Harolda dopada ciężka choroba. Władca doskonale zdaje sobie sprawę, iż jego dni są policzone, dlatego postanawia przekazać całe królestwo we władanie swojego zięcia. Shrek jednak nie potrafi wyobrazić sobie ogra zasiadającego na tronie i pełniącego najważniejszą rolę w państwie. Po śmierci teścia wyrusza więc w podróż, której celem ma być odnalezienie dalekiego krewnego, Artura. Towarzyszy mu wierny kot w butach oraz zabawny, choć czasem irytujący do granic wytrzymałości osioł. Tuż przed rozpoczęciem wyprawy Shrek dowiaduje się o ciąży swej żony. Od tej pory gromadka dzieci staje się głównym tematem nocnych koszmarów ogra. Tymczasem królestwu grozi niebezpieczeństwo. Podły Książę z bajki usiłuje podporządkować sobie mieszkańców i zagarnąć królewską koronę.