Peter Parker (Tobey Maguire) odnajduje równowagę między swoimi uczuciami do Mary Jane (Kirsten Dunst), a obowiązkami superbohatera. Na horyzoncie gromadzą się jednak czarne chmury. Kostium Petera zmienia kolor na czarny, a jego moc staje się jeszcze większa. Metamorfozę przechodzi również sam Peter. Ujawnia się jego mroczna, żądna zemsty osobowość, nad którą do tej pory starał się panować. Czarny kostium sprawia, że Peter staje się zbyt pewny siebie i zaczyna lekceważyć ludzi, którym na nim zależy. Zmuszony do dokonania wyboru między uwodzicielską mocą nowego przebrania a swoją poprzednią osobowością, Peter musi pokonać demony, które zawładnęły jego duszą. Tym bardziej, że dwaj okrutni złoczyńcy - Sandman (Thomas Haden Church) i Venom (Topher Grace) - zagrażają nie tylko jemu, ale i wszystkim, których kocha.

Gdy słynny Spider-Man (Tobey Maguire) znajduje równowagę między uczuciem do Mary Jane (Kirsten Dunst) a życiem superbohatera, na niebie pojawią się czarne chmury.
Podczas spaceru po parku z ukochaną nieopodal nich spada mały meteoryt. Na owym meteorycie znajduje się symbiot - organizm potrzebujący do życia adrenaliny. Peter decyduje się zabrać go do laboratorium, lecz ten ucieka i przytwierdza się do jego buta. Symbiotowi podoba się jego pełne adrenaliny życie, dlatego postanawia połączyć się z nim. Po tej fuzji strój superbohatera zmienia się z czerwono-niebieskiego w czarny. Prócz wyglądu zewnętrznego zmianie ulega także charakter Petera. Ukazuje on swą mroczną stronę. W tej części przygód człowiek-pająk będzie musiał zmierzyć się z trzema przeciwnikami: Sandmanem (Thomas Haden Church) - prawdziwym zabójcą wuja Bena, Harrym Osbornem (James Franco) - Nowym Goblinem pragnącym zemsty za śmierć swego ojca oraz Eddym (Topher Grace), który po połączeniu się z symbiotem staje się największym i jednocześnie najgroźniejszym wrogiem Spider-Mana - Venomem. Także w życiu osobistym Peter Parker przeżyje pewne zawirowania. Postanowi oświadczyć się Mary Jane, lecz na ich drodze do szczęścia stanie inna kobieta - Gwen Stacy (Bryce Dallas Howard).

W filmie "Spider-Man 3", Peter Parker (Tobey Maguire) ostatecznie odnalazł równowagę pomiędzy swoimi uczuciami do M.J. (Kirsten Dunst), a obowiązkami super bohatera. Na horyzoncie gromadzą się jednak czarne chmury. Kiedy kostium Parkera nagle zmienia kolor na czarny, a jego moc staje się jeszcze większa, metamorfozie ulega również sam człowiek-pająk. Ujawnia się mroczna osobowość Spider-Mana. Na skutek nieujarzmionej pychy, Peter zaczyna zaniedbywać ludzi, na których zależy mu najbardziej. Co gorsza, nie ma czasu na namysły, bowiem miastu i jego najbliższym zagraża nie jeden, a dwa wyjątkowo złośliwe czarne charaktery, Sandman (Thomas Haden Church) i Venom (Topher Grace). Zmuszony do dokonania wyboru między kuszącą mocą nowego kostiumu a dawnym życiem, Parker musi odnaleźć w sobie prawdziwego bohatera, pokonać wrogów i własne demony.

Peter Parker (Tobey Maguire) odnajduje się w związku z Mary Jane (Kirsten Dunst). Jednocześnie sprawdza się także jako niestrudzony obrońca miasta, Spider-Man. Sielanka jednak nie może trwać wiecznie. Wskutek kontaktu z dziwną substancją pochodzącą z kosmosu, Peter przechodzi istną metamorfozę. Jego kostium staje się czarny, a on sam zmienia się na gorsze. Lekceważy swych najbliższych i staje się zadufany w sobie. Sytuacja pogarsza się, gdy wrogowie Spider-Mana, Venom (Topher Grace) i Sandman (Thomas Haden Church) postanawiają pozbawić go życia. Peter będzie musiał także stawić czoła Nowemu Zielonemu Goblinowi, w rzeczywistości swojemu przyjacielowi, Harry'emu Osbornowi (James Franco), który pragnie odwetu za śmierć ojca. Jednak najcięższym dla Petera pojedynkiem, będzie walka z samym sobą…

Peter Parker (Tobey Maguire) wreszcie zdobywa dziewczynę swoich marzeń, Mary Jane Watson (Kirsten Dunst), a Nowy Jork ogarnia Spider-mania! Kiedy jednak nowy symbiont sprawia, że kostium Spider-Mana staje się czarny, jego najmroczniejsze demony wychodzą na światło dzienne, zmieniając Spider-Mana zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz. Spider-Man musi stoczyć walkę swojego życia ze śmiertelnie niebezpieczną armią złoczyńców - zabójczym Sandmanem (Thomas Haden Church), Venomem (Topher Grace) i Nowym Goblinem (James Franco) - a także ze swoim wewnętrznym wrogiem.