Największa organizacja gwarantująca spokój i bezpieczeństwo wszechświata - Wspólnota Planet - rozpada się w wyniku zdrady jednej z ras (Nietzhean).
Kapitan statku Andromeda - Dylan Hunt, dostawszy się w zasadzkę, rozkazuje załodze opuścić statek, sam zaś próbuje odciągnąć wrogą flotę. Niestety, Andromeda wpada w czarną dziurę.
Po 300 latach poszukiwacze wraków wyciągają ją z osobliwości razem z Huntem, dla którego czas się zatrzymał.
Zorientowawszy się, że wszystko co znał i kochał zostało zniszczone, a wszechświat jest nękany wojnami i wyzyskiem, postanawia przywrócić Wspólnotę Planet. W tym celu sprzymierzając się z nową załogą, wyrusza z misją, aby zachęcić inne światy do przyłączenia się.

Akcja rozgrywa się w galaktyce za trzy tysiące lat. Ludzie z Ziemi należą do Federacji, czyli organizacji zrzeszającej miliony światów i obejmującej sześć galaktyk. Kapitan Straży Federacji strzegącej pokoju, bezpieczeństwa i porządku, Dylan Hunt, jest dowódcą gwiezdnego krążownika Andromedy. Zostaje wciągnięty w pułapkę, w wyniku której zostaje uwięziony w horyzoncie zdarzeń czarnej dziury. Załoga uratowała się, gdy kapitan rozkazał ewakuację.

Mija trzysta lat i statek zostaje uwolniony przez grupę poszukiwaczy. Dla Dylana Hunta minęło raptem kilka chwil więc ze zdziwieniem odkrywa, że świat się całkowicie zmienił. Federacja, w wyniku wojny domowej sprowokowanej przez Nitzschean, rozpadła się i zapanował chaos. Kapitan Hunt stawia sobie za główny cel utworzenie na nowo Federacji, przywrócenie porządku i ponowne zjednoczenie wszystkich planet.